當時霧社鎮上有兩名擔任警察兼任當地教師的賽德克族人花岡一郎與花岡二郎，由於賽德克族人起事之規劃縝密，政府曾一度懷疑，教育程度較高的兩人為事件領導者；但在日方軍警進入霧社地區進行救護作業時，卻發現兩人皆已自殺身亡，其中花岡一郎不但攜妻兒同死，更以武士道傳統切腹方式自殺。
花岡兩人同時留日文草書之遺書於壁上，說明族人因不堪苦役而起事，兩人無能為力，僅能一死。
在事後的口述歷史與傳言中，有花岡一郎於事發幾天前表現出顯著的不安情緒，在運動會當天負責彈奏日本國歌時雙手發抖，以及花岡二郎在族人湧入霧社市街時身穿傳統服裝打開警察局軍械室的說法，另外依花岡二郎之子之轉述，二郎在警局中負責電話接線之工作，而霧社遭到襲擊時也湊巧未發出電話向外求救。雖然上述傳言之真偽難以求證，但兩人在事件中之行動確有諸多疑點，其是否知情、採取何種立場等隨成為本事件中主要的謎團之一。
除花岡兩人之外，當時各駐在所尚配屬有總數數十名的原住民與漢人籍警手（下級警察），不過在襲擊過程中均被放過。
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1930年（昭和5年），日治臺灣臺中州能高郡霧社（今屬南投縣仁愛鄉）發生霧社事件。
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事件中的賽德克族警察：
 
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花岡兩人遺書：
「花岡兩
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日方之動員與救援行動：
襲擊發生後約一小時，自公學校僥倖逃出的能高郡視學菊川孝行抵達距霧社約四公里處，尚未遭襲擊的眉溪屯駐所，報告霧社發生「蕃人大出草，內地（當時對日本本土的稱呼）人全滅」的事態，消息經由電報於當天下午傳至臺中州知事府與臺北市的總督府。由於當時盛傳起事原住民下一步將進攻埔里，因此日方當日即動員警察與在鄉軍人於埔里展開防備，並將當地日本人集中至埔里糖廠(今埔里酒廠廠區)進行保護。 事件爆發，總督震驚，臺灣總督府參事官持地六三郎提出「蕃人即禽獸論」，主張對謀反的「生蕃」擁有討伐權。總督石塚英藏下令緊急調派臺灣各地之軍、憲、警部隊進攻霧社，由臺灣守備隊鎌田彌彥少將擔任總司令。除派屏東第八飛行連隊之飛機，到霧社山區實施偵察和威嚇飛行外，並調派臺北州、臺中州、臺南州、花蓮港廳之駐軍及警察編成隊往埔里、霧社前進，進攻發起事件之原住民。同時，基於「以夷制夷」的策略，亦積極驅使其他和莫那魯道敵對的原住民，如：屯原社（今臺十四線道路終點，能高越嶺道起點，屯原。）擔任第一線鎮壓武裝部隊。 遭攻擊後，霧社鎮內仍有數百名漢人居民存在，由於起事族人早已決定僅以日本人為敵，故全部漢人居民於當天下午即被護送至巴蘭社方面下山，至此鎮上僅剩下若干孤立待援的日籍生還者。最早的救援活動是由未參與起事的巴蘭社展開；該社頭目瓦力斯·布尼私下命令數位族人前往霧社搜救日本人，至日軍抵達為止共收容十多人，巴蘭社與瓦力斯·布尼因此舉日後被日方尊稱為「仁俠」而加以褒揚。 與霧社群處於相反方向，未遭攻擊的萬大社方面駐警，雖同樣被阻斷往埔里方向之交通，但仍在接獲消息後編成救援及偵察隊，不過終因無法掌握起義賽德克人之動態最後僅推進至巴蘭社一帶。日方的主要救助活動則與軍警單位的收復霧社街行動一同於28日展開，但因當天傍晚於霧社近郊河畔，遭到起事者的狙擊造成漢人軍伕一死五傷，暫停推進，僅在夜間收容了兩名藏身河床的日籍女性服務生。 29號日間，日軍在未遭抵抗的狀況下進入霧社市街，隨即展開收容生還者與回收遺體的工作，收容的生還者中最大的一群為躲在校長宿舍廁所中的小島源治之妻松野與她所保護的十七名兒童，最後在宿舍及鎮內總計救出48名生還者(其中三人後來因傷重或感染不治)。另外與小島夫人在襲擊中失散的三名5歲、3歲與未足歲幼兒則在兩名道澤社女傭的保護下於同日在三十公里外的馬利巴社獲救。 被日方收容的死者遺體稍後被集中在霧社小學校操場進行火化。 
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雙方交戰：
雖然日軍在進入霧社後曾遭到原住民的騷擾性攻擊，但抗日六部落族人的主要戰略系利用山區天險，分成「塔洛灣」及「馬赫坡」二條戰線與日軍對抗。塔洛灣戰線由荷戈社頭目塔達歐·諾干率領，馬赫坡戰線由莫那·魯道率領，然而彼此間似乎並未建立明確的指揮系統。昭和五年（1930年）10月31日，日軍以各部族村落為目標發起總攻擊，雖遭到起義原住民有力之反擊，但至11月1日除馬赫坡社外其他各社均為被軍警佔領，塔達歐·諾干亦戰死。抗日主力退到馬赫坡社，其餘散在各溪溪谷。11月2曰馬赫坡社亦被軍警佔領（日方同時在村中發現了大量原住民私下儲存的黑色火藥），起事原住民完全退入山中，大部分退至馬赫坡、塔羅灣兩溪溪谷，利用懸崖絕壁的有利地勢與日方作戰。 11月5日，臺灣軍臺南安達大隊在馬赫坡社東南方高地附近與賽德克族人爆發激戰，兩小時的戰鬥中受到15人戰死，10（另有16，21諸說）人負傷之大損傷。原住民方亦有傷亡，莫那·魯道次子巴索·莫那於此戰身負重傷，痛苦萬分，最後由族人為之介錯。由於此戰傷亡過大，且起義原住民已退至素有天險之稱的馬赫坡絕壁，日方因此改變策略，改以防線封鎖、炮兵炮擊及以飛機投擲炸彈的方式對岩窟進行圍攻。期間並以山炮發射疑似「糜爛性毒氣彈」（路易斯毒氣彈）之瓦斯彈，及讓飛機投擲白磷燃燒彈等違反國際公約的『科學的攻擊法』，對躲藏在密林中的原住民進行攻擊。同時，日人利用「以夷制夷」的策略，以提供賞金和槍枝彈藥為條件，利用週邊原本即因爭奪獵場、既有糾紛而與起義各社存有嫌隙之道澤、土魯閣、萬大、馬力巴、白狗諸族群，組成「味方蕃」襲擊隊，協助日人軍警部隊作戰。 由於起事時秋季農作大多尚未收穫，村落也遭日軍攻佔，起義原住民很快就陷入糧食不繼的狀態，對日方的反抗活動自11月中旬規模日漸縮小及喪失組織性，許多起事部落的婦孺不願托累戰士，於起事及包圍期間循傳統於巨木下自縊，殘存者則在日軍飛機空投勸降傳單的政戰攻勢下，陸續向日方投降。至當月下旬起義原住民僅剩下數十人仍潛伏以游擊戰方式苦撐，日方也在月底宣布任務達成並撤走大部份軍隊，進入殘敵掃蕩階段。 參與起義之主要人物多半於事件中死亡：莫那·魯道見大勢已去，命其妻巴幹·瓦利斯（Bakan Walis）在耕作小屋自縊，接連槍殺兩名孫子，棄屍於耕作小屋，連同妻子的屍體一同放火燃燒。然後帶著三八式騎銃，獨自進入深奧內山，在大斷崖飲彈自殺，四年後才為人所發現。莫那·魯道長子達多·莫那帶領最後的五、六名戰士，在回絕了妹妹馬紅·莫那及熟識日警樺澤重次郎警部的勸降後，於12月8號在山中自縊，比荷·瓦里斯於包圍期間因毒氣傷害自縊，比荷·沙波則於12月12日為味方蕃補獲，隔年三月死於日方看守所。
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傷亡人數：
發動事件之初，抗日六部落的族人共計1,236名，至事件結束後的統計：死於刀槍者85名、被飛機轟炸死者137名、砲彈炸死34名、被「味方蕃」襲擊隊獵首級者87名、自縊身亡者296名、俘虜者265名，另外有約500名原住民投降。 總督府出動包含臺灣軍司令部、守備隊司令部、臺北步兵第一聯隊等等軍隊，約軍人1194員，另外還有警察部隊1,306員。根據事後日方戰報宣稱，日本平民遭屠殺134人、受傷215人。陸軍陣亡22員、負傷25員。警察陣亡6員，負傷4員。協助日軍的原住民丁勇陣亡22員、負傷19員。隨軍漢人軍夫，陣亡1員、負傷7員。另外在深秋的山區作戰也令日軍飽受凍傷、恙蟲病及痢疾之苦，霧社野戰醫院就留有一日之內治療各類傷病患者超過200名之記錄，另外也有傳出漢人軍夫被凍死的狀況。 另一方面，賽德克族人的口述歷史多主張在抵抗過程中曾造成進攻日軍頗大之傷亡，但難於提出具說服力的證據。
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第二次霧社事件：
第二次霧社事件是指隔年4月發生，第一次事件時擔任味方蕃的道澤群對賽德克族生還者進行攻擊的事件。 道澤群包括基茲卡、布凱本、魯茲紹、屯巴拉四社，原本相較於白狗、萬大群，屬於與霧社群較為友好的部落，但自1910年代開始兩者發生獵場與婚嫁糾紛，霧社事件前數年莫那·魯道甚至曾計畫動員全族圍殺擅入獵場的五十名道澤狩獵隊，因此兩者日漸交惡。
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經過：
於第一次事件期間投降之賽德克人共514人，之後被集中於鄰近原部落的五處「保護蠻收容所」內，並在處分不明之情況下滯留至1931年春。期間各收容所道澤群原住民不時發生衝突，收容所內原住民在未獲日方許可下，依時節開始種植小米之舉動，令道澤群產生擔心人口仍眾之霧社群日後進行報復之心理。 出於嚴懲起事部落之動機，當時的臺中州警務部長三輪幸助、警察課長寶藏寺虎一共謀利用事件期間之部族仇恨對投降者進行清算，秘令小島源治挑撥道澤群情緒攻擊起義賽德克餘眾。小島的居中煽動很快得到迴響，並巧立「因族人正舉行婚禮酒宴」之名目暫緩回收第一次事件時發配道澤群之槍枝，使道澤群報復隊擁有絕對之優勢。1931年4月25日深夜，道澤群的壯丁200餘人組隊夜襲位於羅多夫、西巴烏兩地的四處收容所（同樣位於西巴烏的塔羅灣社收容所因人數稀少未被視為目標）。被殺死及自殺者共216人（一說214人或218人）。日方之警衛僅在西巴烏收容所方面進行過名目上之開槍喝止，道澤群則僅有1人死亡，5人重傷，10人輕傷，且多半是賽德克族人以弓、竹槍等武器反擊造成。 事件當天與日人較為友好之賽德克人（如花岡二郎之妻初子與阿威赫拔哈），都曾被日本警察邀請留宿或暗示不要返回收容所，可見負責看守之日本警察大多知情。
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後續與真相大白：
事件隔日日方前往回收道澤群之槍枝，且留下和出草首級與道澤壯丁之合照，後將首級集中掩埋。事件後當地警方隨即以道澤群欲報頭目被殺之仇為口實，宣稱第二次霧社事件為部落間的惡鬥、道澤群害怕霧社群殘存者事後報復等理由做為表面報告，道澤群除部分與事族人擅自為參與馘首之事進行紋面遭到沒收番刀與服勞役五天之懲罰外，未被追究任何責任。小島則為「未事先察覺道澤群報仇行動」之責任被調離山地警察職務，轉任平地水利警察。 事件多年後的1970年代，小島源治才在與歷史學家之通信中承認參與煽動一事，令事件的真相明朗。不過由於小島當時之身份不高，因此仍無法釐清事件之主謀為臺中州警務部亦或有更高層級之指示、授意。
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後續事件：
事件前霧社是總督府理番政策的重點地區，儘管如此還是出現了大規模的反抗。因此總督府修正了臺灣原住民的種族歧視政策，並且加速皇民化教育，對原住民思想改造。並將原住民強制遷移到平地定居，由狩獵改為農耕生活。巴蘭社群（巴蘭、塔卡南、卡茲庫）雖然因為在事件中保持中立並救助日人而未遭受處罰，但在1939年時，仍因日本人興建萬大水庫而遷移到北港溪中游台地，取名為中原社。 而原居於霧社地區的賽德克族人，第二次霧社事件後抗日六社遺族僅剩298名。1931年5月6日，日本官方強制六社全部遷移到北港溪流域與眉原溪交會處之川中島，以集中監視，並將六社合成一社改名為「川中島社」（今日的清流部落）不得回原籍，從此霧社地區賽德克族永離祖居。從高山遷至低原區，六社遺族多水土不服，許多人染痢疾、瘧疾而死，亦有因憂恨而自殺身亡者；潛回原居地者4人，3人處死，1人年幼飭回。之後，日方舉行「歸順典禮」，帶走23名遺族壯丁，此23人皆被刑求而死於獄中。約在同時，巴蘭社群也被以類似手法補殺了16名曾參加起義的男子。 太平洋戰爭期間皇民化政策下，誘導青年丁壯參加高砂義勇軍，有身為日軍身份而陣亡者。最後六社遺族僅剩老弱婦孺200多名（約霧社事件前五分之一），原抗日六社居住地的霧社地區，日方則無條件撥給於一、二次霧社事件中協助日方的「味方蕃」，永久居住。
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 當時的霧社
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