巴丹吉林沙漠共有‌144个湖泊‌，这些湖泊已通过科学探明，主要分布在沙漠腹地的沙山间，包括咸水湖和淡水湖。‌

湖泊特征
‌类型与分布‌：144个湖泊中，12个为淡水湖，其余多为咸水湖；74个常年有水，其余可能季节性干涸。湖泊集中分布于沙山间的丘间凹地，形成“海子”景观，如红海子、庙海子等。‌‌
‌生态与价值‌：湖泊群由地下水补给，支撑周边植被与牧场，是“巴丹吉林沙漠—沙山湖泊群”世界自然遗产（2024年列入）的核心组成部分。‌‌

沙漠珠峰——必鲁图沙山
必鲁图为巴丹吉林沙漠中一个独具神姿的奇峰，此峰相对高度500多米，比撒哈拉大沙漠的高峰还高70多米，为世界上相对高度最高的沙山，有“沙漠珠峰”之称。峰顶呈南北走向的一把刀刃，登顶人员只能一字排开，GPS实测海拔1563米，坡度大约有70度。