1992年，英国科学家在一座冷却水塔里采集水样，在变形虫体内发现了一种颗粒，用革兰氏染色法一染，呈阳性，理所当然地以为是细菌，就放在冰箱里存了起来。

这一存就是十年。2003年，法国马赛大学的研究团队重新检视这个样本，才发现它根本不是细菌，而是一种病毒，只是大得出奇。

他们把它命名为拟菌病毒，因为它在大小和染色特征上太像细菌了。拟菌病毒的直径将近750纳米，而普通病毒，比如流感病毒，直径大约100纳米，噬菌体更小。

拟菌病毒比很多细菌都大，用普通光学显微镜就能直接看到。它的基因组超过一百二十万碱基对，编码超过九百个蛋白质。这对病毒来说是一个天文数字，流感病毒的基因组只有一万三千多个碱基对，HIV大约一万个。

更关键的是，它的基因里面编码了什么？传统观念认为，病毒是绝对的寄生者，它没有自己的代谢机器，进入宿主细胞之后，完全借用宿主的核糖体来翻译蛋白质，借用宿主的能量供应来驱动自身复制。

但拟菌病毒的基因组里，有自己的DNA修复酶，有参与转录的基因，有合成某些氨基酸的基因，甚至有部分参与翻译过程的基因，虽然它还没有自己的核糖体，但它拥有的东西已经大大突破了人们对病毒的想象。

这之后，更大的巨型病毒接连被发现。2013年报道的潘多拉病毒

（Pandoravirus），基因组达到了两百五十万碱基对，比拟菌病毒还大一倍。

最令人困惑的是，潘多拉病毒的基因组里，大约百分之九十三的基因在已知生命的数据库里找不到任何同源序列，也就是说，没有人知道这些基因是从哪里来的，也不知道它们究竟是用来做什么的。

巨型病毒还有一个很诡异的现象，它们自己也会被病毒寄生。2008年，科学家在拟菌病毒的宿主变形虫体内，发现了一种只有五十纳米大小的病毒，它不感染变形虫，只感染拟菌病毒，并且会利用拟菌病毒的复制机器来繁殖自身，同时破坏拟菌病毒的正常复制。

这个发现太过离奇，以至于研究者把它命名为卫星病毒

，意指它围绕着另一个病毒运行，这是人类发现的第一个真正意义上的病毒的病毒。

一个依靠寄生来复制的东西，本身又被另一个依靠寄生来复制的东西寄生。

分类学上的困境也随之而来。病毒历来不被纳入生命之树，原因是它们没有核糖体，不能自主合成蛋白质，不具备细胞结构，在传统生物学的定义里，它们只是信息的载体，介于生命和非生命之间。

但巨型病毒让这个边界变得很模糊。它们有自己的代谢相关基因，有复杂的蛋白质合成辅助系统，有可以被更小的病毒寄生的复杂性，某种意义上，它们比一些极度退化的细胞内寄生菌（比如立克次体）还要具备更多生命的特征。

有科学家提出，巨型病毒代表了一个第四域生命，与细菌、古菌、真核生物并列，是远古时代某种原始细胞生命退化演变的后裔。也有科学家认为，巨型病毒的复杂基因组很可能主要来自与宿主之间长期的基因水平转移，是不断偷窃基因的结果，而不是退化自某种更复杂的祖先。这场争论到今天仍然没有结论。