1.朝鲜国旗被禁

仁川亚运会组委会在仁川及周边多个城市街道悬挂朝鲜国旗，引发保守派人士不满。韩国政府已就朝鲜国旗在仁川亚运会期间使用范围作出规定，只允许朝鲜代表团在赛场、运动员村等部分场地使用朝鲜国旗，民众在仁川亚运会期间不得持有朝鲜国旗或把它们带到比赛场地。一旦类似行为被认定违反《国家保安法》，相关人员将被移交至司法部门处理。

2.偶像组合JYJ遭不公正对待
赛事形象大使、韩国偶像组合JYJ在开幕及闭幕典礼上的表演据称被撤，移至开幕典礼暖场表演 。其他艺人，如Psy、Big Bang、CNBLUE和EXO的表演不变。讯息曝光后，其粉丝要求组委会公平对待。最终，组合将演唱赛会主题曲

3.兴奋剂检测
比赛期间共有1600名运动员的1920件样本被测试，6名运动员因兴奋剂检测结果呈阳性被停赛。
9月14日距比赛开幕还有五日，塔吉克足球运动员克赫许·别克纳扎罗夫（Khurshed Beknazarov）因甲基丙烯酰胺检测结果呈阳性，被暂停所有足球活动30天。9月25日，柬埔寨软式网球运动员易·苏芬汗（Yi Sophny）西布曲明检测呈阳性。9月30日，马来西亚武术金牌得主谢赫（Cheau Xuen）西布曲明检测亦为阳性，其金牌被剥夺。马来西亚官员不服取消比赛的判决，向体育仲裁法庭申诉却被驳回。同一天，伊拉克举重运动员穆罕默德·埃弗里（Mohammed al Aifuri）本胆烷醇酮和雄甾酮检测呈阳性，是他六年来第二个不合格的药检。2008年他曾因服用去氢甲睾酮而被禁赛的他，这一次，将面临国际举重联合会的禁令。10月1日，叙利亚空手道选手努尔·亚丁-库尔迪（Nour-Aldin al-Kurdi）克伦特罗（俗称瘦肉精）检测呈阳性。10月3日，中国链球运动员张文秀第二枚金牌因玉米赤霉醇检测呈阳性而被剥夺。

4.圣火被熄灭
圣火因技术原因被短暂熄灭。