巴丹吉林沙漠共有‌144個湖泊‌，這些湖泊已通過科學探明，主要分布在沙漠腹地的沙山間，包括鹹水湖和淡水湖。‌

湖泊特徵
‌類型與分布‌：144個湖泊中，12個為淡水湖，其餘多為鹹水湖；74個常年有水，其餘可能季節性乾涸。湖泊集中分布於沙山間的丘間凹地，形成「海子」景觀，如紅海子、廟海子等。‌‌
‌生態與價值‌：湖泊群由地下水補給，支撐周邊植被與牧場，是「巴丹吉林沙漠—沙山湖泊群」世界自然遺產（2024年列入）的核心組成部分。‌‌

沙漠珠峰——必魯圖沙山
必魯圖為巴丹吉林沙漠中一個獨具神姿的奇峰，此峰相對高度500多米，比撒哈拉大沙漠的高峰還高70多米，為世界上相對高度最高的沙山，有「沙漠珠峰」之稱。峰頂呈南北走向的一把刀刃，登頂人員只能一字排開，GPS實測海拔1563米，坡度大約有70度。