在安装程序as-installer-7.0.1188-full.exe所在的文件夹的地址栏输入as-installer-7.0.1188-full.exe /SystemValidationErrorAsWarning，按下回车键打开安装程序即可解决问题。
（在命令行中输入也行，但是要注意安装过程中绝不能关闭命令行窗口，否则安装程序会一起退出）
参考资料：http://www.avrfreaks.net/forum/atmel-studio-701188-release
#19和#31
