賽爾歷41年，賽爾號Ⅱ開啟全新冒險旅程。在飛船途徑一顆名為「阿卡迪亞」的行星時，飛船卻被一股神秘的力量所吸引。為了查明飛船失去動力的原因，賽爾號Ⅱ船長辛迪，決定派遣賽爾小分隊前往阿卡迪亞星一探究竟！
原來，在千年以前，阿卡迪亞星的精靈王約瑟和奎爾斯之間爆發了一場空前的死斗。在最後的決戰中，整個星球竟被他們強大的力量分成了兩半！星球上的大部分原住民和精靈都在一瞬間失去了生命，兩個精靈王也一同消失了。
雖然精靈王失去了身體，但他們的靈魂卻散落到星球的各個部分，靜靜等待崇拜他的人民給予他復活的力量！昔日的肉體如今華為一個個部落的守護獸，保護著曾經敬仰著精靈王的人們。
精靈部落崇尚和平 讚美精靈王約瑟
薩倫帝國崇尚暴力 企圖征服整個星球 　　而這場戰爭，也讓阿卡迪亞星一分為二——居住在北半球的是讚頌約瑟之名的精靈部落。他們根據當地的氣候和環境，衍生出各種文明，熱愛精靈、崇尚和平的他們把精靈王約瑟的故事編成了歌曲，代代傳誦下去。而居住在南半球的原住民野蠻殘暴，他們組建成薩倫帝國試圖通過武力征服北半球，獨占全部星球礦石，並毀滅約瑟精靈王的文明。
與賽爾號Ⅰ有所區別的是，賽爾號Ⅱ主要在神秘的阿卡迪亞星展開。圍繞這個一分為二的有著千年歷史的星球，發生了一系列驚心動魄、可歌可泣的故事。這些故事將繼續發生，並由來到阿卡迪亞星的小賽爾們繼續延續下去。
在全新的故事背景上，賽爾號Ⅱ——來自地球的第二艘飛船，降臨至傳說中的阿卡迪亞星，揭開了傳奇般精靈王的神秘面紗。一系列緊張刺激的故事，詼諧幽默的劇情，視覺衝擊的畫面，即將展現在所有熱愛太空探險的玩家面前！在《賽爾號Ⅱ》中，精靈依舊是小賽爾們最好的朋友，將與小賽爾們並肩戰鬥，抵抗邪惡勢力對於宇宙的野心。
所不同的是，在賽爾號Ⅱ將擁有全新的精靈系統，且精靈將擁有更大的「可能性」——每隻精靈甚至都可能向小賽爾們所期望的方向發展。在對戰模式上，賽爾號Ⅱ擁有更富有策略性的對戰方式、更多的創新玩法；在畫面上，也將帶來震撼的視覺衝擊，將宇宙探險完美的展現在用戶面
在賽爾號Ⅱ中每個精靈都將具有獨一無二的「特性」和「紋章」。一旦一隻精靈擁有了某種特性，那這種特性將不會在其它精靈上出現，也即是每個精靈都有自己獨一無二的特性和紋章，使自己更加具有特點。