假如考慮一個音拍系統，而非音節，則其聲音結構非常單純：該語言由音拍構成，每個都大約有相同的時間長度和強度（這裏指的是與音高有關，而非聲音大小）。日語的音拍可由元音或兩種成音拍子音， /N/ 和/Q/組成。元音前可以選擇加或不加硬顎滑音/j/。

音拍種類  範例  日語  詞中的音拍數  
V  /i/  i 胃 '胃'  1音拍  
CV  /te/  te 手 '手'  1音拍  
CjV  /kja/  kya きゃ '(驚訝或尖叫)'  1音拍  
N  /jo.N/ 或 /jo.n/ 中的/N/  yon 四 '四'  2音拍  
Q  /mi.Q.tu/ 或 /mi.t.tu/ 中的/Q/  mittsu 三つ '三個'  3音拍  

書寫系統

書寫系統中，每個假名對應到一個音拍。成音拍的/Q/（也就是重疊子音的前半部）用一個稱為「促音」的小"tsu"（ 片假名ッ，或平假名っ）。長元音在片假名中，通常在第一個元音後接一個破折號，就像在sābisu サービス '服務／service'中的一樣。破折號的方向是沿着書寫的方向。
英語中，重音節發音較大聲、較長、音調較高，而輕音節相對較短。日語中，所有音拍的長度和聲音大小相同。日語因此被稱為以音拍為時間單位(mora-timed)的語音。
另一方面，由於所有音節有相同重音，因此對日本人而言，歐洲語言中有些非重音節聽不清楚，而造成混淆。
（與芬蘭語和意大利語的音節系統作比較。）

假名發音

五十音IPA簡表以上說明簡表如下。這張表並未完全涵蓋日語中所有的子音變化。請參考之後的發音細節。

假名IPA註解
か,き,く,け,こ  [ka],[ki],[kɯ],[ke̞],[ko̞]  這是無聲塞音。只有稍微送氣，程度比英語低，但比西班牙文高。  
さ,す,せ,そ  [sa],[sɯ],[se̞],[so̞]  舌葉齒齦音。  
し  [ɕi]  齦齶音。  
た,て,と  [ta],[te̞],[to̞]  無聲塞音。只有稍微送氣，程度比英語低，但比西班牙文高。舌葉齒-齒齦音（也就是說，舌葉接觸到上排牙齒的背面，和齒槽脊(alveolar ridge)的前面）
  
ち  [ʨi]  
つ  [t͡sɯ]  
な,ぬ,ね,の  [na],[nɯ],[ne̞],[no̞]  
に  [ɲ]i]  
は,へ,ほ  [ha],[he̞],[ho̞]  
ひ  [çi]  
ふ  [ɸɯ]  
ま,み,む,め,も  [ma],[mi],[mɯ],[me̞],[mo̞]  
や,ゆ,よ  [ja],[jɯ],[jo̞]  
ら,り,る,れ,ろ  [ɺa],[ɺi],[ɺɯ],[ɺe̞],[ɺo̞]  
わゐゑ  [ɰa],[ɰi],[ɰe̞]  
を  [ɰo̞]  常發音作[o̞].  
ん  [n]  這是在/d/, /n/, or /t/之前時的發音。為舌葉齒-齒齦音(舌葉接觸到上排牙齒的背面，和齒槽脊(alveolar ridge)的前面)。  
  [m]  在/b/, /p/ 或 /m/之前時的發音。  
  [ŋ]  在 /k/或/ɡ/之前。  

ũ]  在 /a/ 和 /o/之間，或/s/前。  
  [ĩ]  /i/ 和 /o/之間。  
  [ɴ]  語畢時。(At the end of an utterance.)  

韻律

標準日語有一個音調系統，說明一個詞中的各個mora應該加或不加重音。加了重音的mora發音相對較高，而後音調下滑。許多日語方言有不同的重音，有些則有較複雜的韻律系統。