殖民政府部分: 日本殖民政府不当情事举例如下: 提升治安事件为战争。出动军队、大炮、战机等处理治安事件,且事后无任何应有之法律审判程序。 违反自己所订立之出草禁令、并鼓励出草:日本政府利用赛德克族群间因为争夺猎场等产生的敌对,以夷制夷,鼓励味方藩出草,定出奖金以奖励亲日部落去杀害起事的部落:杀掉头目可得二百元;杀壮丁得一百元;杀妇女得三十元;幼儿二十元(当时一位山地巡察月薪约三十五元上下);莫那·鲁道之首级更被悬赏为特别奖。 就在雾社事件之前,莫那鲁道也曾经因为日方的威胁利诱而攻打(出草)过周遭的社。日军并利用马赫坡社和他社争夺猎地的嫌隙,胁迫利诱雾道泽、德鲁固、万大、马力巴、白狗诸等社的原住民,以提供赏金和枪支弹药为条件,强制或利诱诸社组成“味方蕃”袭击队以协助日人军警部队参与战斗,对当时大肆出草的泰雅族原住民进行报复。对原住民极尽分化,使其自相残杀。但也有“味方蕃”声称并非受到威胁利诱,而是主动向日军要求参与战斗,目的是为了报仇。 残杀战俘:武装镇压后,日人更以注射毒针的方式让受伤的族人中毒身亡。 断裂原住民传统成长文明:以集中管理方式,将雾社事件幸存的298名生还者,“集体迁村”,移居到北港溪与眉原溪交会处之川中岛(今南投县仁爱乡清流部落),最终导致雾社部落传统成长文明的断裂。 屠杀平民,攻击不设防村落:日军采取对未参战平民与起事族人间无差别的屠杀、攻击不设防村落(undefended towns, villages, habitations and buildings) 涉嫌使用化武毒气(毒ガス):使用化武毒气等手段进行镇压,已经严重违反1899年海牙公约、1907年第二次海牙公约(The Hague Convention respecting the laws and customs of war on land/ Hague Convention)等规范作战手段、维护人道的国际法、国际战争法(The Laws of War)相关条文规定,因而引发国际,甚至日本国会的强烈谴责。日军违反人道使用毒气弹,证据之一雾社小学校出草事件后6天(1930年11月3日),台湾军司令即发电给陆军大臣的“有关兵器送附之文件”中有“有鉴于叛徒的躲藏区域为有断崖的森林地帯,希望能使用腐蚀性投下弾及山炮弾并请尽快交付”的记录。 “掩盖”使用毒气、瓦斯等化学物质之实:雾社事件发生后,台湾总督和台湾军司令商量是否派军队镇压,经过行政程序,最后决定派兵镇压,并于来往文书中明定,毒气、瓦斯等化学物质以代号表示(1930年11月5日台湾军参谋长宛 副官发“糜烂性弹药的使用对外会遭非议,将来瓦斯弹有关事项要用暗号表示之。”。,三日后,参谋部《阵中日志》即开始显示毒瓦斯加注代号的使用记录。致日后部分研究学者试图以日本官方文件否定使用毒气之事实。不过也有学者表示:究竟有没有使用毒气,真相如何,学者间莫衷一是。 未将莫那鲁道遗体人道安葬,数度公开展示,当成标本:依据学者戴宝村〈莫那鲁道与台湾原住民的反抗运动〉一文的调查,莫那鲁道他们退到马赫坡后面的洞穴之后,日本人炸不到那个洞穴,但是他们实在没有办法反抗,最后全部自杀。赛德克族人都以上吊的方式自杀,从当时日本人所拍下来的照片可以看到,一棵树吊了很多人,以至于树枝都弯曲下垂。有的妇女为了让男子没有后顾之忧而勇敢作战,自己便先自杀。莫那鲁道后来看到大势已去,就在山上洞穴自杀。由于他的尸体没有完全腐化,有一半变成木乃伊,1934年才被寻获。1934年6月13日能高郡役所新落成纪念展,公开展示,日当局亦要求雾社部落代表下山观赏。同年7月“警察展览会”上,莫那的遗骸,第二度被公开展示,地点转至台北。之后送到台北帝国大学当作人类学标本,1973年才被送回雾社安葬。