2.關於被告的舉證責任
    根據民法典第一千二百三十條的規定，生態環境侵權民事訴訟中的被告，應當就兩種情形承擔舉證責任：一是其行為與損害不存在因果關係；二是存在法律規定的不承擔責任或者減輕責任的情形。由於生態環境侵權原則上適用無過錯責任歸責原則，因此因果關係是認定生態環境侵權是否成立的最關鍵也是最難證明的要件。法律之所以將該要件的舉證責任分配給侵權人，是為了減輕被侵權人的舉證負擔，為被侵權人提供有效救濟。
    在調研起草過程中，有觀點認為，舉證責任應當與舉證能力相匹配，與私益侵權訴訟原告相比，提起環境污染、生態破壞民事公益訴訟的檢察機關和提起生態環境損害賠償訴訟的政府部門具有更強的舉證能力，不應不加區別地將因果關係要件的舉證責任分配給被告。我們經研究認為，司法解釋關於舉證責任的分配應當嚴格遵守實體法規定，民法典一千二百三十條並未區分生態環境侵權的不同訴訟類型對舉證責任作出差別化規定，《規定》應當予以嚴格貫徹。
    關於減輕、免除責任的法定事由，除了民法典侵權責任編第七章的規定外，還涉及侵權責任編「一般規定」、總則編「民事責任」，以及環境保護法和各環境保護單行法的相關規定，它們之間存在著一般規定與特別規定的關係，應當注意適用順位。根據民法典第一千一百七十八條「本法和其他法律對不承擔責任或者減輕責任的情形另有規定的，依照其規定」，以及特殊規定優先於一般規定的法律適用原則，環境保護單行法規定的減輕、免除責任事由應當優先適用。

3.關於因果關係判斷
    生態環境侵權的因果關係鏈條比較複雜，多因一果、一因多果、多因多果的情況比較普遍，判斷因果關係是否成立是司法實踐中的重點和難點。2015年《環境侵權責任解釋》第7條對認定不存在因果關係的情形作出了規定，《規定》第7條在此基礎上增加了與生態破壞相關的因素，明確了以下幾種可以認定因果關係不存在的情形：
    一是排放的污染物、釋放的生態因素、產生的生態影響未到達損害發生地。這是從空間關係角度所作的規定，如果空間上不存在交集，自無發生作用的可能。
    二是行為在損害發生後才實施且未加重損害後果。這是從時間先後角度所作的規定。就因果關係而言，因在前而果在後，不存在果前因後的可能。當然，如果某行為在損害發生後才實施但加重了損害後果，則該行為與加重的損害後果之間仍然存在因果關係，只有行為在損害發生後才實施且未加重損害後果的，才能徹底排除因果關係。
    三是存在該行為不可能導致損害發生的其他情形。這主要是從科學原理、自然規律的角度所作的規定。生態環境侵權可能涉及物理、化學、生物、地質、大氣等諸多領域的反應或者變化，如果按照科學原理、自然規律不可能導致損害發生的，人民法院應當認定被告行為與損害之間不存在因果關係。

（三）關於證明標準
    因同一污染環境、破壞生態行為分別提起刑事、民事、行政訴訟的情況在司法實踐中較為普遍，檢察機關在提起刑事訴訟時也時常附帶提起民事公益訴訟。調研中發現，審判實踐中存在生效刑事裁判、行政裁判未予認定的事實，生態環境侵權民事裁判亦不予認定的情況，忽視了三大訴訟證明標準之不同，可能導致對被侵權人或者公共利益保護不足的問題。根據刑事訴訟法第五十五條的規定，認定被告有罪的證明標準是排除合理懷疑；根據《民訴法解釋》第108條的規定，民事訴訟的一般證明標準是高度可能性；行政訴訟法及其司法解釋雖未對證明標準作出規定，但一般認為行政訴訟的證明標準介於刑事訴訟與民事訴訟之間，與民事訴訟的證明標準相差不大。基於裁判統一性的要求，刑事、行政、民事裁判對同一事實的認定原則上應當是一致的，但基於不同的證明標準、作出不同的事實認定在一定情況下存在合理性。比如，對於因證據不足、案件事實不清，未達到排除合理懷疑的刑事訴訟證明標準而作出的無罪判決，如果能夠達到高度可能性的民事訴訟證明標準，則民事訴訟或者附帶民事訴訟應當認定該事實存在。
    基於此，《規定》第8條明確，對於發生法律效力的刑事裁判、行政裁判因未達到證明標準未予認定的事實，在因同一污染環境、破壞生態行為提起的生態環境侵權民事訴訟中，人民法院根據有關事實和證據確信待證事實的存在具有高度可能性的，應當認定該事實存在。

（四）關於證據的調查收集和保全
    與一般侵權案件相比，生態環境侵權案件在證據調查收集和保全方面存在3方面突出特點：一是公益訴訟案件較多，此類案件需要更好地平衡當事人依法承擔舉證責任與人民法院依職權調查收集證據的關係；二是集中管轄比較普遍，證據的調查收集和保全往往涉及管轄法院與非管轄法院之間的協調配合；三是侵權事實所涉專門性問題較多，更強調證據調查收集和保全的科學性。

    1.關於公益事實所涉證據的調查收集
    我們在調研中發現，在環境污染、生態破壞民事公益訴訟中，部分社會組織不積極收集、提交證據，而僅以案件涉及國家利益、社會公共利益為由申請法院調查收集，將舉證責任轉移給人民法院的情況比較普遍，一定程度上影響了審判質效。為解決這一問題，並切實維護國家利益、社會公共利益，《規定》第10條在民事訴訟法第六十七條及相關司法解釋規定基礎上，將法院調查與法院收集證據作了適當區分，對法院收集證據作出相對嚴格的程序性限制。
    2.關於集中管轄法院委託調查收集證據
    隨著環境資源審判機制改革的深入推進，以生態系統或者生態功能區為單位，跨行政區劃集中管轄生態環境案件已經成為鮮明特色。為落實好環境資源案件集中管轄制度，強化集中管轄法院與非管轄法院之間的協調配合，提高集中管轄案件審判質效，《規定》第11條以民事訴訟法第一百三十四條為依據，對集中管轄法院委託侵權行為實施地、侵權結果發生地、被告住所地等法院調查收集證據作出具體規定。
    3.關於證據調查收集和保全的科學性要求
    生態環境侵權案件涉及較多的專門性問題，法院認定相關事實往往需要通過勘驗、鑑定等手段查明，因此證據獲取的科學性尤為重要。《規定》第14條在《民訴證據規定》第24條基礎上，對科學性要求作了進一步擴展和完善，旨在避免證據的法律價值、證據價值被破壞。

（五）關於證據共通原則
    證據共通原則是證據法上的一項基本原則，其基本涵義是指某項證據被提交法院後，提交證據的一方當事人申請撤回該證據的，不影響對方當事人援引該證據證明案件事實。證據共通原則雖然未被民事訴訟法及相關司法解釋所規定，但在司法實踐中被普遍遵循。
    《規定》第15條立足基本法理和審判實踐，對該原則在生態環境侵權司法實踐中的具體適用作出較為全面的規定：當事人向人民法院提交證據後申請撤回該證據，或者聲明不以該證據證明案件事實的，不影響其他當事人援引該證據證明案件事實以及人民法院對該證據進行審查認定；當事人放棄使用人民法院依其申請調查收集或者保全的證據的，按照前款規定處理。需要說明的是，當事人申請法院調查收集或者保全的證據，性質上仍然屬於該當事人提交的證據，只不過是假法院之職權行為以消除其收集證據的障礙，故應適用相同規則。
    對於證據共通原則，大陸法系國家和地區原則上以對方當事人援引該證據證明案件事實為適用前提，即在一方當事人向法院提交證據後又申請撤回的情況下，如果對方當事人不援引該證據或者同意撤回證據的，法官不能主動對該證據進行審核認定。而《規定》第15條未作此方面的限制，主要原因有二：一是與德國等大陸法系國家和地區相比，我國當事人收集證據的手段較少、能力較弱，法院查明案件事實的職責較重，如果適用該原則必須以對方當事人援引為前提，可能導致法院認定的事實與客觀情況不符，造成訴訟不公；二是證據一旦提交法院，將會對裁判者的心證產生影響，該影響難以因證據被撤回而完全消除。因此，對於一方當事人申請撤回的證據，即使對方當事人不援引，也不影響法官基於查明案件事實的需要對該證據進行審核認定。

（六）關於專家證據
    在證據法理論上，具有專門知識、技能的人對於待證事實中的專門性問題所提供的意見被稱為專家證據。民事訴訟法及相關司法解釋構建了鑑定意見和專家輔助人出庭陳述意見並存的雙層專家證據制度。專家證據制度對於破解生態環境侵權案件事實認定中的「專業壁壘」問題具有非常重要的作用。《規定》以第16條至第23條共8個條文的體量，對專家證據制度在生態環境侵權案件中的具體適用作出較為系統的規定，所確立的規則對其他民事訴訟案件也有一定參考意義。

1.關於鑑定意見
    關於委託鑑定。調研中發現，一些生態環境侵權案件需要委託鑑定的事項涉及的專業領域廣、技術知識新，而鑑定人資格認定及鑑定人名冊更新又相對滯後，司法實踐中存在鑑定人名冊中沒有相應資格的鑑定機構或者人員，而又需要通過委託鑑定查明案件事實所涉專門性問題的情況。對此，《人民法院對外委託司法鑑定管理規定》第11條規定，「司法鑑定所涉及的專業未納入名冊時，人民法院司法鑑定機構可以從社會相關專業中，擇優選定受委託單位或專業人員進行鑑定」。《規定》第16條以此為基礎，旨在明確在鑑定人名冊中沒有相應資格的機構或者人員情況下，人民法院可以依法委託其他具有相應資格的機構或者人員進行鑑定。
    關於不予委託鑑定情形和鑑定之外認定專門性事實的方法。生態環境侵權案件涉及的專門性問題較多，委託鑑定的案件比例較高，一定程度上存在鑑定過濫、鑑定依賴等問題，對辦案質效造成較大影響。為解決這些問題，《規定》第17條明確了不予委託鑑定的兩種情形：一是非專門性問題不予委託鑑定，旨在使司法鑑定回歸輔助法庭解決專門性問題的本質；二是雖然屬於專門性問題，但可以通過法庭調查、勘驗等其他方式查明的，不予委託鑑定。很多情況下，鑑定並非查明專門性問題所涉案件事實的唯一方法，也不是最優方法，通過其他事實查明手段可以查明案件事實的，人民法院不應啟動鑑定程序，以避免案件久拖不決，給當事人增加不必要的訴訟負擔。《規定》第21條明確了鑑定之外認定專門性事實的方法，即在沒有鑑定標準、成熟的鑑定方法、相應資格的鑑定人等原因無法進行鑑定，或者鑑定周期過長、費用過高等鑑定成本明顯超出訴訟目的情況下，人民法院可以結合案件有關事實、當事人申請的有專門知識的人的意見和其他證據，對涉及專門性問題的事實作出認定。

    關於鑑定人邀請其他機構、人員完成部分鑑定事項的問題。原則上，鑑定人應當以自己的專業能力、技術條件獨立進行鑑定並出具鑑定意見，但是環境損害等司法鑑定可能涉及多種學科，需要多方面專業知識和多種檢測設備，實踐中存在難以由某一鑑定機構或者人員完成全部鑑定事項的情況，鑑定技術需求綜合性與鑑定主體專長分散性之間的矛盾較為突出。解決這一問題，有兩條路徑：一是將鑑定事項拆分並分別委託鑑定；二是在嚴格限制前提下允許鑑定機構邀請其他機構、人員完成部分鑑定事項。第一種方式是鑑定製度的題中應有之義，但應當以人民法院能夠對鑑定事項進行合理拆分，並且能夠綜合多份鑑定意見對案件事實作出認定為前提；否則，第二種方式更具可行性，當然，前提是通過嚴格限定適用條件避免「皮包機構」「鑑定中介」等問題的發生。《規定》針對第二種方式構建了「有限許可、嚴格限制」的制度安排，並通過3個條文作出規定。《規定》第18條對鑑定人邀請其他機構、人員完成部分鑑定事項作出的限制是：僅能針對部分非主要鑑定事項；必須經過人民法院准許；鑑定人對最終鑑定意見負責。《規定》第19條進一步規定了未經法院准許的法律後果：一是證據法上的後果，即該鑑定意見不能作為認定案件事實的根據；二是訴訟法上的後果，即鑑定人退還鑑定費用。針對接受邀請的機構、人員提供虛假鑑定意見的情況，《規定》第20條明確，該鑑定意見不得作為認定案件事實的根據，人民法院可以依照民事訴訟法第一百一十四條的規定進行處理。

    關於當事人自行委託有關機構、人員出具專業意見的審查認定規則。當事人自行委託有關機構、人員出具專業意見的情況在生態環境侵權案件中較為普遍，但其並非民事訴訟法上的鑑定意見。對於此種意見，民事訴訟法及相關司法解釋並不禁止，但也未對其審查判斷規則作出明確規定。審判實踐中，主要存在按照私文書證處理、按照具有專門知識的人的意見處理兩種做法，審查判斷規則不同，事實認定結果也可能截然相反，確有規範的必要。經深入研究，並參考民事訴訟法學者的意見，我們認為，在現行民事證據制度框架下，參照專家輔助人制度，將此種專業意見視為當事人的書面陳述，是符合其自身特點、較為妥當的做法。其一，當事人自行委託的專業機構與專家輔助人性質相同，均為當事人自行選擇的輔助其訴訟的主體，均針對涉及專門性問題的事實查明代表當事人發表意見，將當事人自行提供的專業意見理解為專家輔助人意見符合邏輯。其二，若將當事人自行提供的專業意見按私文書證處理，由於私文書證具有推定真實的效力，在效力層級上高於當事人陳述，會產生當事人自行委託的專家輔助人出庭陳述的意見性質為當事人陳述，而當事人自行委託的專業機構或人員不出庭提交的書面意見為書證的情形，導致邏輯上的矛盾和證據效力體系的不平衡。基於以上分析，《規定》第23條比照專家輔助人制度，對此種專業意見明確了以下審查判斷規則：當事人就環境污染、生態破壞的專門性問題自行委託有關機構、人員出具的意見，人民法院應當結合本案的其他證據，審查確定能否作為認定案件事實的根據。對方當事人對該意見有異議的，人民法院應當告知提供意見的當事人可以申請出具意見的機構或者人員出庭陳述意見；未出庭的，該意見不能作為認定案件事實的根據。