七耀歷1206年──隨着內戰結束，巨大軍事國家埃雷波尼亞帝國迎向了全新時代的轉折點。
青年黎恩・舒華澤因《灰色騎士》的身分在國內被視為英雄，以他為中心的年輕英雄們一段嶄新故事就此揭開序幕──
──托爾茲軍官學院利弗斯第II分校。與總校形成對比，是專門招收有隱情的貴族子女、問題學生、外國人等等的「後段班」分校。
而在分成的3個班級當中，由黎恩擔任級任教官的小規模特務班級就是──VII班《特務科》。
分章節劇情簡介序章 「春日再臨」──七耀歷1206年4月1日
4月，正值暖風吹起，萊諾花盛開的時期。黎恩來到帝都近郊的市鎮利弗斯。在早一步就任的托娃帶領下，黎恩走進了第Ⅱ分校學院大門，受到『有些隱情』的同事迎接。鐵路憲兵隊的米海爾·厄文少校。從帝國軍·克洛斯貝爾方面隊派來的蘭道夫·奧蘭多。就任特別顧問的G·施密特博士。分校長則是在內戰中擔任貴族聯盟軍總司令的敗軍之將──奧蕾莉亞·勒瑰恩。
在之後的開學典禮上，發表了《Ⅷ班·戰術科》與《Ⅸ班·主計科》的分發學生與級任教官，但是卻沒有叫到黎恩的名字，與三名學生一起被留了下來。奧蕾莉亞帶著無畏的笑容宣告。剩下的三名學生是《Ⅶ班·特務科》，級任教官是黎恩·舒華澤。編入特務科的四人必須接受實力測驗，攻略建造在校園內的《艾因赫爾小要塞》。
為人所知的帝國武門名門之子，庫爾特·范德爾。克洛斯貝爾警察學校出身的悠娜·克勞福。曾隸屬於帝國軍情報局的亞爾緹娜·奧萊恩。於是黎恩便跟態度有所保留的三人一起開始進行攻略。四人一路上打倒魔獸，一邊確認彼此的武器與默契。即使是出現在終點的《魔煌兵》，也運用ARCUSⅡ的《勇氣指令》擊倒。透過實力測驗，黎恩再次詢問學生進入《Ⅶ班·特務科》的意願。學生們雖各有考量，卻也各自展現了參與的『意志』──在所有人的意見一致後，黎恩宣佈特務科成立。新生《Ⅶ班》開始起步了。
第一章 「重逢 ～白堊舊都～」──七耀歷1206年4月15日
開學典禮後過了兩星期，就在正式開始教學與訓練的某天夜晚。黎恩的ARCUSⅡ響起了不熟悉的來電鈴聲。在顯示『Ⅶ班群組』的畫面上，出現了艾略特的影像。這個特殊的通訊機能是奧利巴特皇子為舊Ⅶ班安排的。
隔天是自由活動日。結束早上的巡邏街道後，黎恩參加了作戰簡報。此時，為了說明在分校實施的「特別訓練課程」，情報局的雷克多特務少校現身。還久違地見到以同行方式跟來的米莉亞姆。等所有人到齊後，從雷克多的手上拿到計劃書。「帝國西側出現了異常的行動。」「應命新設立之託爾茲第Ⅱ分校，前往各地進行處置。」為了抵抗看不見的威脅，以可能發生實戰為前提的地方演習。內容表示要讓學生們投入演習。看到教官們憤怒、錯愕的態度，奧蕾莉亞露出耐人尋味的反應。她表示這可以說是體現了「居安思危」、「成為世界的基石」這2個理念，黎恩等人勉強接受。周末就要前往南部的沙薩蘭特州。
當晚，在自己房間聽著廣播的黎恩得知，相隔1年半，談話節目《星夜時分黃昏的時間》又要繼續播出了。主持人『蜜絲緹』，雖然不曉得結社使徒克洛提德的意圖為何，黎恩決定暫時還是留意一下。
隔天，首次進行的機甲兵操練。黎恩與蘭道夫一起指導各學生，最後進行由1名教官對2名學生的模擬戰。但是Ⅷ班的亞修·卡拜德向黎恩提出了一對一戰鬥。因此，將舉行一對一的模擬戰，但亞修卻在說開始前就以奇襲用的機關發動攻擊。雖被搶先攻擊，但黎恩開始冷靜反擊，讓對手的機體輕度損傷。對於一臉若無其事地離去的亞修，雖然會覺得有點危險，但他的高度戰鬥能力令人期待。
幾天後，前往演習地的出發日。第Ⅱ分校專用的特別裝甲列車《德弗林格號》抵達。前來交車的是鐵路憲兵隊的克蕾雅·利維特少校。她似乎也負責支援這次演習，相隔5個月的再會，彼此都很高興。就在要搭上列車的時候，留守的奧蕾莉亞對黎恩這麼說。「身為擁有龐大力量之人，你必須徹底掌握這個局勢。」「勇於面對自己的不成熟──偶爾也依靠一下身邊的人吧。」學生、教官共計24名，跨越劇烈變動的時代其一端就此開啟。
──七耀歷1206年4月22日
隔天，演習第1天的早上，列車抵達了構築在舊都聖特亞克郊外的演習地。Ⅶ班在地方演習的主要活動是兼具收集情報及偵察的「廣域巡邏」與在當地進行支援活動的「當地貢獻」。結合這2種目的的活動就被定義為「特務活動」。為了向當地負責人海恩斯侯爵報告演習已經開始的事，Ⅶ班先前往了聖特亞克。在那裏收下了特務活動的請託書。黎恩的視線停留在與一般請託分開記載的「重要調查項目」。那是關於在沙薩蘭特州內被多次目擊到的『神秘魔獸』的調查。在摸索的同時，由學生們決定一天的行動方針後，展開了最初的特務活動。過了一會兒，結束街區的巡邏，Ⅶ班來到街道近郊目擊到『神秘魔獸』的地點。接着有數個發出刺耳齒輪聲的運作聲音接近四人。原來是3隻機械魔獸──結社《噬身之蛇》暗中開發的『傀儡兵器』。黎恩與亞爾緹娜搶先一步，聯手破壞。似乎是看準他們破壞的時機，有個低沉穩重的聲音響起。一名悠哉的中年男子，深感興趣地上下打探著黎恩等人。自稱是以『狩獵』為生的男子似乎在尋找其他傀儡兵器，立刻就離去了。保險起見，四人在四周搜索敵人，確認還有沒有殘留的兵器。於是就在剛才那名男子走來的方向……在那邊的懸崖下發現了10具左右的傀儡兵器殘骸。
之後，因為其他請託進入《伊斯米亞大森林》時，黎恩遇見了一名不可思議的金髮少女。但學生們似乎都看不見，少女連名字也沒有報上，留下謎樣的話語後就消失了。隨後，黎恩察覺到沒有『剛才的』記憶，把『某個』存在放在心上後，先離開了大森林。
一行人結束請託的對應，返回市鎮，在大教堂遇見舊Ⅶ班的艾略特。作為一名演奏家出道的他，是因為巡迴演出來到了聖特亞克。在稍微談笑一番後，與艾略特告別，一行人離開聖特亞克，前往紡織市鎮帕爾姆。
四人在午後抵達帕爾姆，來到舊道上目擊到魔獸的地點。即使與預料中現身的傀儡兵器陷入苦戰，仍舊持續攻擊，把它逼到自爆。但是潛伏的另一隻已準備攻擊掉以輕心的庫爾特與悠娜。黎恩立刻進入『鬼化』狀態，以迅速的身手及壓倒性的斬擊給予傀儡兵器致命一擊。看到黎恩解除鬼化後的疲憊模樣，庫爾特等人在感到驚慌的同時，察覺到事有隱情。總之先確認附近安全，最後為了調查帕爾姆小徑，先返回市鎮一趟。四人離開小徑，抵達某條廢道前。前往山中的路被門封鎖，門上還纏繞著牢靠的鏈子。就在此時，出現了新的傀儡兵器，遭到前後夾攻。黎恩等人撐過襲擊而來的機關攻擊，並將它們擊倒。接連不斷的戰鬥，學生的體力也到了極限。但是卻被傀儡兵器的增援追擊，阻擋了退路。為了保護學生，黎恩站起身來，打算再次進入鬼化狀態。此時，一名藍發少女突如其來地現身──舊Ⅶ班的勞拉揮舞著大劍，逐一讓敵人化為殘骸。她取得亞爾賽德流的真傳，以臨時代理師父的身分來到帕爾姆。一起回到市鎮，四人與勞拉告別，就此結束第1天的特務活動，返回演習地。
當天晚上。教官們針對傀儡兵器交換意見。暫時不向軍方求援，僅靠第Ⅱ分校處理。就在決定了這樣的方針時。從擴音器傳來挑釁的聲音。接着立刻響起的爆炸聲與沉悶的震動襲擊了德弗林格號。手持反戰車炮的紅髮女孩──《紅色戰鬼》謝莉、《鐵機隊》首席隊士──《神速》杜巴莉。結社的兩人對第Ⅱ分校發動奇襲，以示『警告』。為了支援Ⅷ班與Ⅸ班，Ⅶ班開始游擊。但是看準死角 攻擊的謝莉為了破壞列車而接近。就在此時，一陣槍擊朝向她接連不斷地發射。一頭銀髮飄逸的少女到來──舊Ⅶ班的菲拿着雙槍劍與戰鬼對峙。接着艾略特也現身，以魔導杖對整個戰鬥區域施以回復術。而勞拉也像是對抗杜巴莉似地現身。結社的兩人跳上高台拉開距離，警告他們不要介入此地發生的事後便消失得無影無蹤。第Ⅱ分校雖免於潰敗，但學生們負傷，部分列車與機甲兵損壞。被迫面對結社終於開始行動的事實。
──七耀歷1206年4月23日
演習第2天。加上早上抵達的雷克多少校，進行了作戰簡報。鐵路憲兵隊、正規軍不採取任何行動，以分校的『現有戰力』處理。聽到帝國政府的這項指示，黎恩領會到了一件事。雷克多拿出的一封信。「《灰色騎士》黎恩·舒華澤──在此傳達帝國政府的要求命令。」那是在內戰終結後的1年半，在各種局面半強制性地讓《灰色騎士》行動的唯一『契機』。黎恩把手放在胸口回應。即使無法接受政府的做法，但身為擁有龐大力量之人，身為前《Ⅶ班》成員──黎恩明確地表示，無法對近在眼前的危機置之不理。於是舊Ⅶ班的三人提議幫忙。他們表明就是為了協助至今獨力完成不合理要求的夥伴，目前能夠行動的成員才會聚集過來。走到列車外，在聽說了黎恩要求命令的事後，學生們紛紛跑了過來。庫爾特質問自己被留下的原因，黎恩坦率地告訴他，是他實力不足。目送庫爾特等人不甘心地離去，黎恩離開了演習地。
移動至聖特亞克後，四人藉由游擊士托瓦爾的通訊得到情報。結論就是結社為了從宰相手中奪回「幻焰計劃」而開始行動了。首要之務是鎖定結社藏匿大量兵器的『據點』，於是跟趕來的利貝爾王國A級游擊士《重劍》阿加特分頭行動。為了收集『據點』的情報，一行人前往《多雷諾爾要塞》。在前往的途中，勞拉詢問黎恩不使用『神氣合一』的理由。在去年《北方戰役》發動神氣時，即使失去意識也解除不了鬼化，整整三天陷入衰弱狀態。黎恩表示從那之後就儘量不使用無法『控制』的力量。總算抵達要塞後，在要塞內與克雷格將軍會面。關於正規軍避免介入『據點』的理由，黎恩明確地指出該地特有的隱情。克雷格將軍沉思了一會兒，像是下定決心般地遞出了『許可證』。為了進入那個攸關國家機密的『據點』，他要黎恩等人也去請海恩斯侯爵簽署。聽聞事情經過的侯爵簽好名，一臉嚴肅地拿出廢道的鑰匙。遭到封鎖的廢道可以通往過去被稱為《哈梅爾》的村莊所在。但那是連正規軍與侯爵本身都無法碰觸的帝國史『陰影』……
四人一路前往帕爾姆小徑。一行人來到廢道前，與知道隱情的游擊士阿加特一同向前邁進。路上，阿加特敘述14年前發生的《哈梅爾悲劇》。14年前，村莊遭受僱的落魄獵兵燒毀殆盡，居民幾乎全數喪命的事件。策劃的是渴望戰功的貴族派將校。為了製造與小國利貝爾開戰的藉口，偽裝成遭到他國侵略的樣子。最後帝國政府得知了陰謀，以把事件開端的屠殺事件埋藏在黑暗中為條件，與利貝爾締結停戰條約。之後執行徹底的情報操作，發表哈梅爾發生了『山崩』。那個村名從地圖上消失。
過了一會兒，黎恩等人抵達廢村，在慰靈碑前獻花。與在那裏等候的謝莉、杜巴莉兩人再度對峙。甚至還藉助了阿加特的力量擊退她們所派出的軍用魔獸與傀儡兵器。但是連《鐵機隊》的兩名隊士與《紅色星座》的連隊長都前來助陣，情勢一觸即發。就在下個瞬間，1架機甲兵從死角攻擊敵陣。操縱的人是Ⅷ班的亞修。Ⅶ班的三人再趁隙突擊。為了找出自己心中的《Ⅶ班》、證明自己的『下一步』，庫爾特手持雙劍擺出架勢。但是有架巨大的傀儡兵器出現，撞飛亞修的機體。《神機永世》TYPE-γⅡ。黎恩舉起右手，召喚了《灰之騎神》瓦利瑪。面對那非比尋常的質量與裝甲，即使用塞姆利亞石制的太刀對《神機》使出斬擊也發揮不了作用。庫爾特見狀，代替亞修操縱機甲兵上前支援。庫爾特的攻擊使其失衡，黎恩接着以太刀使出連擊。最後神機發出聲響倒下，機能停止。
新舊Ⅶ班興高采烈。此時，在一旁觀看一連串戰鬥的三人現身。《西風旅團》的《陷阱師》傑諾、《破壞獸》雷歐尼達斯，以及本該在3年前喪命的《獵兵王》路嘉·克勞賽爾。路嘉跳上形似騎神的紫色『機影』，刺穿神機的機身，引發大爆炸破壞。兩個獵兵團就此離去，《鐵機隊》也利用轉移術撤退。
之後，黎恩雖然斥責新Ⅶ班三人的專斷獨行，卻也讚許他們臨機應變的對應。自己特有的范德爾劍術得到認同，庫爾特顯得有些難為情。
然後，演習最後一天。黎恩與舊Ⅶ班警戒着開始行動的各勢力，期待下次的重逢而暫時告別。就這樣，在沙薩蘭特州的演習結束。載著第Ⅱ分校所有人的列車返回了利弗斯。
第二章 「矛盾交織的克洛斯貝爾」──七耀歷1206年5月13日
第II分校中各個社團活動開始，迎接生活忙碌、充實的5月。某天晚上，黎恩有機會與同事蘭道夫在酒館小酌一番。蘭道夫提起過去在克洛斯貝爾《特務支援課》的事，還有黎恩以前對峙過的『搜查官』。下意識地對彼此製造隔閡的兩人，身為在學院工作的『夥伴』，總算是敞開了心房。
隔天。在下午進行的作戰簡報中，有意想不到的訪客來訪。賽德利克·萊澤·亞諾爾。埃雷波尼亞帝國的皇太子，托爾茲軍官學院·總校的候補生。從他的口中，得知了下個演習地點。帝國最東端的國際貿易都市──於1年半前被合併的「克洛斯貝爾州」。作為視察團來訪警備的『保險』，決定投入分校人力。之後，黎恩被賽德利克找去，移動至屋頂。對自己在《煌魔城》力有未逮感到悔恨，賽德利克渴望得到不輸給任何人的『無可動搖的力量』。他稱呼分校為『二軍』，要黎恩調任至總校。對於因老家被解除守護皇族職務一事而辭退就讀的庫爾特，賽德利克也以傲慢不遜的態度邀請。話里處處可見對分校的鄙視。對於皇太子的轉變，黎恩與庫爾特難掩訝異。
但是波瀾的徵兆卻蔓延到隔天的機甲兵操練。賽德利克帶著兩名總校學生前來進行友誼賽。對手指名Ⅶ班，庫爾特雖有所遲疑，仍舊是搭上機體。最後雖是分校獲勝，但賽德利克誇耀着自己的成長。皇太子那副模樣，奧蕾莉亞與Ⅸ班的妙婕一起看在眼裏。
幾天後的出發日，返鄉的悠娜、將要面對『宿業之地』的黎恩帶著各自的憂慮，乘坐列車離開了利弗斯。
──七耀歷1206年5月20日
隔天早上。抵達克洛斯貝爾市郊外的演習地。Ⅶ班為了報告開始演習的事，先前往市內的《蘭花塔》。他們要去見克洛斯貝爾州首任總督，盧法斯·艾爾巴雷亞。四人自盧法斯手中收下了請託書。「重要調查項目」寫著有關突然出現的『幻獸』的事。悠娜提起幹勁，打算代替《特務支援課》完成這個請託。黎恩等人回到玄關大廳，突然遇見了某個人。那就是舊Ⅶ班的馬奇亞斯。因為任職地點《司法監察院》的出差，他也來到了克洛斯貝爾。與馬奇亞斯告別後，四人結束街區的巡邏，與委託人緹歐·普拉托會面。為了修復出現錯誤的控制終端，想拜託Ⅶ班護送她前往魔獸橫行的市內地下區塊。一行人做好準備，走進《地下區域F區塊》。抵達終點終端室，緹歐立刻要開始進行作業，就在此時，空間晃動，1架《魔煌兵》出現了。黎恩等人一邊保護終端機，一邊應戰、擊破。連克洛斯貝爾都出現了源自於帝國的魔煌兵……還來不及思考其中含意，又出現了另1架。五人耗了不少體力，動彈不得。此時，一道光箭射來。手持導力弓的金髮女孩──舊Ⅶ班的亞莉莎。而女僕雪倫從上層俯視這裏。在兩人強力的聯手攻擊下，魔煌兵發出咆哮消失。與黎恩的重逢，令亞莉莎眼中泛淚地感到開心。之後，調整完終端機，一同返回演習地。黎恩等人加強對幻獸的警戒，在得到雪倫這個幫手後，前往調查地點湖畔。
在那裏，發現了散發微弱光芒的紅色的花。所有人推測，這應該跟以前在此地出現過的蒼藍『靈智之草』有關。結果，背後的空間再度晃動，巨大幻獸出現。在雪倫的協助下，Ⅶ班擊退幻獸。保險起見，決定採集紅色的花帶回去。自湖畔返回的路上，雪倫向黎恩表明自己的過去。身為結社執行者，在過去潛入盧雷市時，任務失敗，害一個人喪命。那個人名叫弗蘭茲·萊恩福爾特，是亞莉莎的父親。回到演習地後，決定下次活動的方針就是調查《緋紅靈智之草》與魔煌兵、幻獸的關聯。
同一時刻，皇室專用·禮儀艦《帕坦古艾號》抵達蘭花塔。雷格尼茲帝都首長與伊琳娜會長、奧利巴特皇子跟艾爾芬皇女、作為隨從同行的愛麗榭。Ⅶ班在列車內的螢幕上看到視察團的情況，繼續進行特務活動。
然後在委託調查的街道近郊，同樣發現了緋紅靈智之草。當他們繃緊神經，窺視周遭時，突然響起少年挑釁般的聲音，接着就出現了巨大的植物型幻獸。由於體型實在大到不像話，黎恩立刻準備召喚騎神。但是那名少年展開障壁，阻斷了要傳給騎神的思念波。黎恩做好覺悟發動《神氣合一》，在千鈞一髮之際，消滅了幻獸。但是無法解除鬼化，捂著左胸彎下了腰。少年深感興趣地煽動。結果就像是打斷他的聲音般，無數黃金藤蔓粉碎了障壁。舊Ⅶ班手持魔導杖的艾瑪。黑貓瑟蕾奴接近黎恩，為他施術，讓他的力量穩定下來。少年刻意留下遺憾的笑聲離去。結束一連串的調查，在送艾瑪到市內的路上──她述說自己在畢業後努力修行魔術，一直在尋找克洛提德的下落。黎恩等人聊著舊Ⅶ班的話題。在他們談笑間，突然看到某個光景——4座RF公司制《德拉古諾夫級列車炮》。載著新型列車炮的運輸列車往國境方向駛去。
一行人在市內與艾瑪告別後，接到托娃的通訊。似乎是接到總督府的聯絡，在蘭花塔召開的晚宴上，要分校參與警備。分校相關人士把演習地交給鐵路憲兵隊後，便依照指示在蘭花塔待命。期間在盧法斯總督的安排下，黎恩與新Ⅶ班，還有Ⅸ班的緹妲有了與受邀賓客會面的機會。在與奧利巴特皇子與艾爾芬皇女、愛麗榭結束敘舊後，一行人返回原本的待命地點。但是黎恩卻被盧法斯叫住，一人移動至另一間房間。盧法斯對奧斯本宰相親生兒子的黎恩述說自己是如何成為《鐵血之子》的首席。在得知養父舒華澤男爵也與此事有所關聯，黎恩百感交加。沒多久，晚宴順利結束，在視察團移動前的等待時間中──黎恩不小心聽到妙婕等人談話，得知她是另有隱情，才從女子學院轉學到第Ⅱ分校。正當黎恩陪着故弄玄虛的妙婕要回到自己的待命地點時……
渾厚的地鳴撼動了蘭花塔。休息室的終端機螢幕上是屋頂的影像。登陸艇冒出火光，旁邊還站着兩名執行者。黎恩穿過人群奔去，新Ⅶ班與亞修、妙婕也不顧教官們阻止，追着黎恩而去。黎恩在途中與雪倫會合，抵達屋頂。站在那裏的是《劫炎》馬克邦，還有《小丑》坎佩尼拉。悠娜等人也追上，在兩個方向迎擊。看到黎恩不肯使用鬼化，馬克邦暗示要魔人化來挑釁。黎恩被逼到劣勢，被迫做出決定。此時，轉移陣突然展開。馬奇亞斯與亞莉莎以攻擊態勢現身。接着艾瑪也跟着現身，滅掉了登陸艇的火焰。奧利巴特皇子與盧法斯總督也趕到，佈陣保護黎恩等人。面對奧利巴特皇子的質問，兩名執行者輕易就說出是為了捕捉分道揚鑣的克洛提德行動。接着一談到結社的『實驗』，紫色的《神機永世》TYPE-βⅡ便在坎佩尼拉的信號下現身。黎恩等人對展開翅膀的恐怖陰影為之震懾。對於打算就此離去的兩人，悠娜提出《特務支援課》的存在，好勝地放話。但是坎佩尼拉卻故弄玄虛地看向盧法斯，像是代替他發言似地說道。選中米修拉姆一帶執行『鳥籠』，把支援課所有相關人士全關進去。為了不讓市民感情惡化，打算讓他們求生不得求死不能，慢慢淡出大家的記憶。兩人這次與神機一同消失。在所有人感到愕然的時候，悠娜踉踉蹌蹌地走向黎恩。她貼在黎恩胸前訴求的痛哭聲，穿破混沌的夜空。
──七耀歷1206年5月21日
第2天。雷克多少校出現在迎來早晨的演習地。他拿出請託書，舉在黎恩面前——「查出《結社》的目的，平息克洛斯貝爾地方的混亂。」他把悠娜托給庫爾特與亞爾緹娜後，與舊Ⅶ的三人開始行動。神機與『實驗』。判斷這兩個便是關鍵的四人，決定找出能大量提供『靈力』讓那巨大身軀行動的場所。再度進入地下區域，利用艾瑪的魔術與緹歐的技術逐步篩選地點。鎖定的座標指向《星見之塔》。
另一方面，悠娜在列車內的一室說起了過去在克洛斯貝爾時的事。當時搭乘的運輸車遭到共和國軍的軍用艇襲擊，她保護著年幼的弟妹，深刻體會到自己的無能為力。此時，救了他們一命的就是《灰色騎士》──黎恩。悠娜基於當時的無力感與悔恨，對黎恩懷著叛逆的心態。而在舊Ⅶ班這邊則是多了一位名叫奧利維爾的人同行。其真實身分就是奧利巴特皇子，他身為皇族，為了面對這個問題，特地變裝趕來。黎恩等人抵達《星見之塔》，在魔獸徘徊的塔內朝着屋頂前進。馬克邦與坎佩尼拉就在那裏等著。艾瑪拚了命地用術抑制馬克邦魔人化後的火焰。黎恩雖試圖召喚騎神，這次也是受到坎佩尼拉的障壁所阻，束手無策。就在黎恩等人被逼到絕境時，複數槍擊襲向了兩名執行者。衝出來的是悠娜、庫爾特、妙婕。亞爾緹娜與亞修從後發發動牽制攻擊。接着裝著推進器的機甲兵與瓦利瑪一同飛來，粉碎障壁着地。悠娜搭上機甲兵，黎恩也操縱騎神與神機對峙。封住飛翔的對手行動，不斷以聯手攻擊破壞導力機關。神機有如倒下般地停止運作。新舊Ⅶ班的所有人感到高興。但在馬克邦的呼喚下，『某三人』現身了。一直在投射幻影，窺視狀況的《蒼之深淵》克洛提德。另一邊則是自稱《蒼》之齊格飛，戴着面具的青年與浮游的黑色球體。青年僅表示自己是代理《地精》長老，『除此之外』就沒再多說。結束『實驗』的神機在馬克邦的火焰下熔毀……
坎佩尼拉宣言，開始見證「幻焰計劃」奪還。戴面具的青年在黑色球體的催促下，搭上形似《蒼之騎神》的『機影』，往空中飛去。展開轉移陣，最後離去的克洛提德，她所留下的話迴蕩著。「『故事』已經開始了。」「將帝國、克洛斯貝爾──將全世界捲入的『終末的童話故事』。」
之後，分校所有人一起進行《星見之塔》的善後工作。舊Ⅶ班掛念著那位戴着面具的青年。但是所有人應該都明白，這是『不可能』的事。黎恩轉頭看向悠娜，對展現了克洛斯貝爾氣魄的她說出了慰問的話語。悠娜瞬間驚訝，很高興似地回話。──隔天，在許多人的送行下，德弗林格號離開了演習地。瑟蕾奴為了訓練黎恩控制『力量』，暫時一同前往分校。馬奇亞斯等人舊Ⅶ班也為了要完成的『約定』，誓言在各自所在的地方努力。列車內瀰漫着成就感與清爽氣息。看着窗外風景的托娃大叫。在所有人的視線前方……看着列車前來的是《特務支援課》的三名相關人士。在交錯的瞬間，站在正中央的青年伸出拳頭。黎恩也朝着逐漸遠去的那個方向伸出拳頭。
第三章 「鋼之鼓動 ～海都撩亂～」──七耀歷1206年6月10日
初夏的徵兆開始顯現，斷斷續續下着小雨的6月。Ⅷ班的亞修與Ⅸ班的妙婕確定轉班到Ⅶ班。此決定同時也是為了懲罰他們在克洛斯貝爾擅自行動。而除此之外，有2位訪客前來拜訪黎恩。是來將寫給哥哥的信親自交給黎恩的愛麗榭，以及總校時期的學長喬治。與喬治談及至今為止所發生的事時，推測出曾被稱為『地精』的存在現在使用的名字──《黑色工房》。在內戰中協助奧斯本宰相，協助奪取結社的「幻焰計劃」的技術集團。但對於被謎團包圍的工房，除此之外無法推測出更多資訊。
回到自己的房間後，黎恩閱讀了愛麗榭帶來的信。一封是來自雲師父，信中的內容都是在鼓舞《八葉》最後一位徒弟。另一封信是來自養父特奧。特奧在信里，將自己與奧斯本多年來的交情，告訴已得知自己『真正的父親』的兒子。
翌日，新生Ⅶ班順利地攻略了小要塞，黎恩也前去參加作戰簡報。公佈的演習地為拉瑪爾州。範圍包含兩座都市，以及奧蕾莉亞過去的居城《朱諾海上要塞》。
轉眼間就來到出發日，前往全新土地的列車出發了。
──七耀歷1206年6月17日
抵達演習地的Ⅶ班，前往當地負責人的所在位置《海上要塞》。在該處，他們與擔任統合地方軍總司令的渥雷斯準將重逢了。他是擁有《黑旋風》的外號，於內戰時擔任奧蕾莉亞左右手，揮舞著十字槍的人物。展開行動的Ⅶ班，首先要完成的是在海都歐爾迪斯近郊的委託。執行委託時，他們在海岸道的岔路上遇見了獵兵集團，遭到夾擊而進退兩難。在舊Ⅶ班的尤西斯與米莉亞姆的幫助下，獵兵團往丘陵地帶方向撤退了。尤西斯是為了出席「領邦會議」，而米莉亞姆則是身負情報局的任務，而分別來到海都。
黎恩等人與他們暫別後，為了探查獵兵們的動向，而前往歡樂都市拉克 威爾。成功收集到情報後，接着開始調查《岩石中庭》。進入內部後，黎恩等人發現紫色獵兵與獵兵團《尼德霍格》正在交戰。Ⅶ被《尼德霍格》發現行蹤，並被團團包圍住。此時有兩位女子趕到現場。正是舊Ⅶ班的教官莎拉，以及黎恩的學姐安潔莉卡。在她們凌厲的攻擊之下，獵兵終於撤退。
回到原本所屬的游擊士協會後，莎拉表示自己一直在追蹤著形跡可疑的獵兵團。另一方面，安潔莉卡表示自己正要以羅格納家的代理人身分出席「會議」。當晚，黎恩陪着莎拉與安潔莉卡兩人，造訪了熱鬧非凡的拉克威爾。途中與克蕾雅會合，根據接獲的線報，四人一一確認獵兵團的動向。他們發現目前在此拉瑪爾州中，有與結社掛鈎的《紅色星座》，以及受僱於某人的《西風旅團》。而《尼德霍格》與真實身分不明的紫色獵兵團，一共四組人馬潛伏着。繼續收集情報後的結果，發現那些紫色獵兵是《北方獵兵》的脫離組──也就是在《北方戰役》中被帝國合併的諾森比亞的人。
──七耀歷1206年6月18日
演習第2天。正在處理新命令的時，收到了來自尤西斯的通訊。前一晚外出後，米莉亞姆便沒有返回，甚至完全聯絡不上。黎恩等人在收集目擊情報以後，得知她正在調查有關海上的《布利歐尼亞島》。一行人租借了小型艇渡海，追尋著米莉亞姆留下的痕跡，開始調查島上遺留的祭壇與遺蹟。隨後，黎恩等人解開了前人設下的謎題，使《陽靈窟》出現。為了預防萬一讓瓦利瑪待命後，一行人便進入靈窟內。沿着唯一的道路向下到達最深處的洞穴。他們發現了結社的《鐵機隊》、神機，以及被囚禁的米莉亞姆。Ⅶ班挺身對抗三隊士。就在她們開始要提高鬥氣時，發動了新的轉移陣。從轉移陣中現身的是身穿白銀甲冑的女騎士──她正是《噬身之蛇》的第七柱，《鋼之聖女》雅里安洛德。面對她本身散發的壓力，黎恩也毫不猶豫地召喚出騎神。但是神機瞬間轉移，而瓦利瑪則被封住了行動。黎恩將鬼化力量釋放至最大限度，單槍匹馬挑戰武之化境。雖然用盡全心全力與對方纏鬥，但受到失控的強大力量反噬，黎恩放聲哀號。像是要讓所有人認清現實，雅里安洛德朝着學生們揮下騎兵槍……
此時，一隻老鷹以迅雷不及掩耳的速度飛進洞穴之中。在所有人的注意力都被轉移的瞬間，身材高大的青年飛越黎恩，在敵人眼前落地。舊Ⅶ班的最後一名成員——蓋烏斯手持十字槍，悠然地面對敵人。感受到某種力量而發現蓋烏斯並非『只是凡人』，雅里安洛德以轉移陣帶著三隊士與神機離去。但是安心的時間沒有太長，《蒼》之齊格飛回應黎恩的呼喚而現身了。戴着面具不發一語的他，發動了轉移術便很快地消失無蹤。雖然留下了許多謎團，但還是很開心能救出米莉亞姆，並與蓋烏斯重逢，所有人暫時一起回到歐爾迪斯。
──七耀歷1206年6月19日
演習第3天。在寂靜黎明包圍下的演習地，被驚天動地的爆炸聲響震動。學生們都因為有如遠處雷聲的炮擊聲響而慌亂。教官們在做出指示的同時，也從到達的雷克多口中得知了狀況。紫色獵兵藉助結社之力，強行奪取4座列車炮，並正在向歐爾迪斯發動炮擊。而政府發出了要求命令。為了預防神機出現，黎恩讓新Ⅶ班在演習地待命。而黎恩自己與從海都趕來的蓋烏斯等人，往設置了列車炮的北方峽谷移動。擊退了埋伏着的紫色獵兵，到達設置了列車炮的地點。但是該處，有謝莉與《紅色星座》的中隊，以及馬克邦與坎佩尼拉控制着。而我方則有游擊士阿加特與托瓦爾，分校的戰術科與機甲兵，再加上渥雷斯準將前來助陣。聽他們說明情況的黎恩等人，駕駛著機車朝宛如風中殘燭的『本城』──《海上要塞》奔馳。一行人在途中與新Ⅶ班會合後到達了要塞前。
在已經幾乎被攻陷的狀態下，瞭望台上出現了神機與雅里安洛德的身影。即使黎恩等人想要前進，也被想要向她挑戰的《西風旅團》與《蒼》之齊格飛牽制住。但此時，因自己過去的居城陷入危機，奧蕾莉亞分校長乘着飛行艦趕到……
最後，獵兵王等人退出了此時此地的對決。黎恩等人分為主攻和副攻，兵分二路開始攻略要塞。不斷擊退被派出來的傀儡兵器後，解除了要塞內設置的機關，一行人朝最上層前進。先到達瞭望台的，是黎恩所率領的主攻隊。站在薄霧之中的是脫下頭盔、手持騎兵槍的雅里安洛德，以及像是要壓抑激昂情緒而微笑着的奧蕾莉亞。鬥氣強烈地釋放着，死斗已然爆發。《鐵機隊》使出強烈的一擊，毫不留情地發動攻勢。竭盡全力戰鬥的最後，敵我雙方都跪倒在地上……
但最後，奧蕾莉亞勉強站了起來。奧蕾莉亞收起大劍。接下來是與《巨碩之存在》相關者的戰鬥。黎恩召喚騎神。以騎神一同飛抵的兩架機甲兵上，駕駛著的是亞修和妙婕。即使騎神的太刀前端在操縱『空間』的神機攻擊下消失，但所有人的羈絆力量化為刀刃。趁勢反擊後，使神機完全停止活動。Ⅶ班向敗北的女騎士們詢問至今為止的『實驗』的真正理由，以及最終目的。然而他們並沒有獲得解答，雅里安洛德舉起手，呼喚了《亞格里昂》這個名字。握持着巨大長槍的白銀『機影』將神機貫穿，破壞殆盡。
「──所有『嘗試』的結果已經出來了。」「時候已經近了──各自找出自己的答案吧。」雅里安洛德留下這些話，便搭上《亞格里昂》進行轉移。三隊士也隨之消失。
在鎮壓住峽谷地帶，回到要塞的渥雷斯的指揮下，轉眼之間便平息了混亂。接着，在當晚的「領邦會議」中。在尤西斯與奧蕾莉亞的見證，並在貴族諸侯全場一致通過之下，被推舉為下一任凱恩公爵的女孩──也就是現任公爵姪女米蒂娜。她搖曳著淺綠色的頭髮，提出了與帝國政府相關的議題。──隔天。黎恩等人和前來送行的許多人道別。全新的機影，與雅里安洛德所說的話。所有人都感覺到必須要準備面對更加嚴峻的考驗。舊Ⅶ班的『約定』之日即將到來，在引頸期盼的同時，黎恩等人離開了激戰之地。
第四章 「光輝燦爛的海姆達爾」──七耀歷1206年7月4日
迎來夏天，正式開始變熱的7月。黎恩前往小要塞時，聽施密特博士說了些別具深意的事。在10年前的爆炸事故中身亡的弗蘭茲·萊恩福爾特。身為博士的頭號徒弟，同時也是亞莉莎父親的他，正是發明機甲兵之人。
之後，公佈的當次演習地為進入仲夏節時期的帝都海姆達爾。雖然並未察覺結社與獵兵的動向，卻似乎有其他『棘手的勢力』已經入侵到帝都內。為協助進行帝都周遭的警戒工作，在本次演習中，黎恩等人與總校分頭完成請託。當晚，黎恩將演習地告知舊Ⅶ班的夥伴。所有人即將再度聚首。
隔天，在機甲兵操練中，首次引進了巨大機甲兵巨人。在許多學生都與特殊的操縱方式搏鬥時，亞爾緹娜卻能行雲流水地進行操作。在模擬戰中，由Ⅶ班的成員擔任她的對手，巨大機甲兵受到輕度損傷並敗北。但亞爾緹娜卻遲遲未從巨大機甲兵中下來，即使呼叫也毫無回音。接着，巨人突然發出可怕的機關聲響，並再次啟動。悠娜等人的機體被彈飛，駕駛著騎神的黎恩，請瓦利瑪探測巨人機內的狀況。亞爾緹娜陷入恍惚狀態，在無意識之下操縱著機體。在抵禦攻擊的同時，黎恩也敲擊著駕駛艙。亞爾緹娜在衝擊下恢復了意識，也順利地使失控停止下來。……然而一個黑影出現在面對操場的樹叢中。漂浮着的黑色球體，正觀察著亞爾緹娜一連串的狀況。
即使感覺到將會掀起波瀾，Ⅶ班卻更加團結一心。載著同行的奧蕾莉亞與施密特，列車奔馳在開向《緋紅帝都》的鐵路上。
──七耀歷1206年7月15日
演習第1天。Ⅶ班來到《海姆達爾中央車站》。透過站內的鐵路憲兵隊司令室，與當地負責人帝都首長雷格尼茲見面。為了進行聯合演習，總校學生賽德利克皇太子所屬的Ⅰ班也已經抵達。收下了請託書，黎恩等人確認了「需警戒項目」。「目前潛伏於帝都內的共和國特殊部隊《海克力士》之調查、追蹤、情報收集等。」學生們都因請託書內容產生緊張感。此時門被打開，一個男人走了進來。《鐵血宰相》吉利亞斯·奧斯本。親切地向所有人打招呼之後，奧斯本回頭看着黎恩。兩人都對彼此不發一語。在告知托爾茲兩校都必須出席後天在皇城舉辦的祝賀會後，宰相輕輕點頭之後便離去。相對於得意的賽德利克等人，Ⅶ班對突如其來的狀況感到困惑不已。帶著饒富深意的眼光看着奧斯本，亞修突然感覺疼痛卻裝作沒事地按住左眼。告別態度高傲的總校學生，Ⅶ班來到自己負責的區域。在各街區巡邏，並尋找特工的線索時，他們在近郊的街道遇見了某個人。那是前托爾茲總校的歷史學教官，湯瑪斯·雷山德。但黎恩知道他的真實身分，是守護騎士第二位《匣之術士》雷山德。是追查「黑色史書」謎團的教會人士。
之後，來到帝都賽馬場的黎恩等人，從總管口中聽說『詭異的咆哮聲』的事情，便進入地下道進行探索。在複雜的通道中前進，黎恩等人發現在某個角落生長著《緋紅靈智之草》。雖然打倒了緊接着現身的魔煌兵，但所有人心中都對這個靈草的出現抱持着疑惑。在將眼前的敵人殲滅之後，黎恩等人決定返回出口處。但在返回途中，他們發現了迅速移動的腳步聲。那是共和國軍的特殊部隊，《海克力士》。即使他們抓准機會進行夾擊，特殊部隊的隊員們卻從容不迫地對應。他們使用新型戰術導力器，逃之夭夭。追擊到最後，一行人來到沒有其他去路的廳堂。在呆站着的一行人面前，過去曾只出現在黎恩眼前的金髮少女，以所有人看得見的方式現身。在少女所提示的線索之下解開機關，繼續追蹤特殊部隊的隊員們。沿着樓梯往上奔跑，竟然來到了《天空墓園》。Ⅶ班眼前所見，是被總校學生們捉拿住的隊員，以及雷克多少校。會演變成這樣的狀況，都是雷克多縝密計劃下的結果。目送總校學生們離去，黎恩帶著Ⅶ班成員前往某座墓碑——克洛·安布斯特。在內戰時，於《煌魔城》殞命的舊Ⅶ班夥伴。就在所有人獻上祝禱，準備離去時，悠娜撿起了某樣物品。是一個裝是精美的胸針。上面科著羅格納家的紋章，顯示這個胸針是屬於安潔莉卡所有。亞修發現圍繞著克洛墓地的地面，露出了新的土壤。之後，他們聯絡演習地，在守墓人的見證下挖開墳墓，卻發現棺木里空無一物。黎恩與托娃當初所見的遺體，很有可能是已經被掉包的假人。
此時，政府下達命令，必須在明天之內逮捕特殊部隊，黎恩等人陷入無法掉以輕心的狀況中。雖然要擔心的事情相當繁雜，但逼近『約定』的時間，黎恩騎上導力機車往帝都奔馳。除了黎恩以外的成員，都已經到達會合的地點。慶祝睽違1年半的全員重逢，品嘗著雪倫新手製作的料理的同時，所有人聊著數不盡的話題。聊到一個段落時，終於進入了『正題』。「看清帝國的走向，判斷Ⅶ班該如何行動」黎恩等人，導出了一個帝國想要前進的方法。那就是「侵略卡爾瓦德共和國」。舉凡大量增產新型列車炮等，看得出來的軍備擴張，就是『枱面上』的現狀。而在『台面下』與宰相通力合作的《黑色工房》正打算引發與帝國久遠歷史息息相關的某個什麼。舊Ⅶ班在逐漸明朗的謎團輪廓中，領悟到某件嚴重的事態正在發展着。想辦法阻止『枱面上』準備開戰的動向，同時查出『台面下』的真相，努力遏止災厄。對黎恩所提出的『大方針』，夥伴們皆強烈地表示贊同。
──七耀歷1206年7月16日
演習第2天。共和國的特殊部隊警戒心提高，因此大多數潛伏於地下道中。奧蕾莉亞與蘭迪也率領學生，分頭進行掃蕩作戰。Ⅶ班再次進行街區的巡邏工作，努力掌握特工的動向。經過一段時間，Ⅶ班收到了來自地下道的奧蕾莉亞與蘭迪的通訊。他們表示，原以為特殊部隊的隊員會以如同怪物般的力量與速度發動攻擊，但他們的身影卻在眼前消失了。艾瑪將其中的原因告訴黎恩等人，於是他們前往奔流的靈脈中心點《帝國博物館》。
穿過博物館內，從發出詭異光芒的樓梯拾級而下，他們來到了《地下墳場》。由於到處充滿詭異的瘴氣，形成相當可怕的空間，還到處生長著《緋紅靈智之草》。從深處現身的，是行動詭異的特工。無論怎麼發動攻擊也會復活，此時金髮少女再度現身並將符貼在特工身上。此時，少女自稱《魔女眷屬》長老，《緋色魔女》羅賽莉亞。並提到此處的內部為《黑暗龍》沉眠處。在帝都蓄滿力量而獲得肉體的龍，正在將人的靈魂眷族化。為了完成自身的使命，羅賽莉亞先行前往沉眠處。
為了解除威脅著帝都的危機，黎恩等人也與趕來的舊Ⅶ班一同進入門內。穿過長廊，到達最深處。面對低吼聲響徹整個空間的黑暗龍，新舊Ⅶ班集合所有力量向其挑戰。為了給失控的黑暗龍最後一擊，黎恩召喚了騎神。揮動塞姆利亞石的太刀，黎恩發動了斬擊。隨著黑暗龍發出臨死前的哀號，黑色瘴氣開始從其身上散發出來。羅賽莉亞立刻展開魔法陣。其身影便在白色光芒的包圍下消失了。空間變回原本的《地下墳場》，沉眠處的入口與靈智之草也消失，詭異的瘴氣也一點都不剩。
雖然阻止了危機，讓大家暫時放心，但《蒼》之齊格飛卻現身了。黎恩往前發出了挑戰，齊格飛也舉起雙槍。為了證明所有人抱持着的『某種確信』，雙方展開單挑。在一步也不退讓的拉鋸戰後，雙方帶著餘力對峙著。面對隱藏真面目並改名換姓的青年，黎恩喊出了『克洛』這個名字。但齊格飛對這個名字毫無反應，只是搭上《蒼之騎神》離去。
──七耀歷1206年7月17日
演習第3天。在賽馬場的設施內，對逮捕特工有所貢獻的托爾茲兩校進行表揚。在沉眠處所發生的事件雖未公開，但新舊Ⅶ班依然受到奧利巴特皇子表揚。獲得自由活動許可的分校學生們，享受了迎來初日的仲夏節。黎恩在上街前，在克雷格將軍的召喚下前去會面。由將軍口中得知的，是奧斯本的過去──以及，與黎恩的親生母親有關的事。14年前，奧斯本晉升為準將，也讓妻子與兒子過上好日子。但對他感到不滿的貴族派將校，卻派出疑似獵兵的集團襲擊的奧斯本的宅邸。現場找到的只有妻子的亡骸。奧斯本與5歲的長男，卻下落不明。而3個月後，奧斯本卻突然回來了，還以終結了《百日戰役》的功績被拔擢為宰相。這3個月的時間到底發生了什麼事。其真相，只有身為兒子的黎恩可以問出來。克雷格將軍如是說。
之後，充分享受了仲夏節的黎恩，與托娃、Ⅶ班學生們會合，出席了在皇城舉辦的祝賀會。以普莉希拉王妃與艾爾芬皇女為首，黎恩與所有熟識的人相談甚歡。此時，克蕾雅找黎恩前往某個休息室。等待着他的是埃雷波尼亞帝國皇帝，尤根特Ⅲ世。表情嚴肅的皇帝，訴說了有關由建國之初即存在於這個國家的『詛咒』。一向樸實剛毅且重視榮耀的帝國人，突然像是『著了魔』般，發動了愚蠢的行徑。皇帝家擁有的《黑色史書》「原書」中，據說記載了暗藏在歷史背後的事物，以及今後將會發生的一切。使人心發狂扭曲的『某個東西』，越想避開它，扭曲便會越嚴重。這就是，皇帝至今為止縱容宰相的理由。
談話結束，離開休息室的黎恩，被奧斯本叫住。以『你似乎也有話跟我說』為理由，宰相不由分說地催促着黎恩前往其他房間。接着奧斯本便開始講述。14年前，將黎恩託付給悠米爾時，便將自己與兒子，以及舒華澤男爵間的羈絆完全斬斷。與《四大名門》為敵，並堅決改革之人不需要『枷鎖』。接着，奧斯本繼續訴說有關結社的「幻焰計劃」的內容。克洛斯貝爾虛無的《幻》，呼喚出埃雷波尼亞的《焰》──過去存在黑暗之地的『兩個至寶』。兩者相剋最後所產生出的《巨碩 之存在》，帝國的所有人、物及歷史全都建立在它的祝福及詛咒之上。面對說完便要離去的宰相，黎恩詢問了被克洛擊中心臟卻依然存活的原因，以及與自己左胸的傷之間的關係。奧斯本停下腳步，臉上似乎浮現出溫柔的微笑說著。14年前，遭受獵兵襲擊時……他已經將自己的心臟移植給心臟附近被建材貫穿的兒子。其他的答案就當作『作業』，宰相留下這樣的話便離開了房間。
返回會場的黎恩發現亞修不見蹤影。聽聞這件事的雷克多臉色大變，便趕忙在克蕾雅與米莉亞姆的陪同下前往休息室。黎恩等人也跟隨他們而移動。所有人都聽見了槍聲，於是趕緊衝進皇帝的休息室。胸口流出鮮血的皇帝倒臥在地上，被奧斯本壓制住的，是變裝為管家的亞修。失去意識的他，身上散發著黑色瘴氣。檢查了被認為是兇器的小型手槍後，盧法斯以冷酷的表情宣告。共和國烏爾努公司制的火藥式手槍──是探測器無法探測出來的特殊武器。
終章 「鍾為誰鳴」──七耀歷1206年7月18日
事件隔天。烏雲密佈的帝都發放着號外，人民仔細聆聽著廣播的後續消息。分校被要求在演習地待命，唯獨亞爾緹娜在情報局的召集下與大家分開。想到她可靠地要為亞修收集情報，黎恩等人的心情為之振奮。帝國政府總算發表了重大聲明。奧斯本宰相明言，從投入特工到這次的惡行，都是卡爾瓦德共和國的『宣戰公告』。他宣言成立凝聚「所有人的力量」的新法──「國家總動員法」。亞修究竟是正好出現的『棋子』，抑或是準備好的『祭品』。
不管怎樣，超乎想像的計劃正在進行一事顯而易見。現在為了《Ⅶ班》集合，艾瑪與瑟蕾奴利用靈脈發動轉移術。黎恩等人溜出演習地，在轉移的目的地《天空墓園》與舊Ⅶ班所有人會合。在艾瑪與蓋烏斯的提議下，前往帝都的海姆達爾大教堂。等在那裏的湯瑪斯向所有人表明自己是教會擁有的極機密星杯騎士團的副團長。然後蓋烏斯也表明自己作為守護騎士，繼承了第八位。《緋色魔女》羅賽莉 亞也現身，她與湯瑪斯開始述說帝國在1200年前的神話。分別被賦予《焰》與《大地》這兩個至寶的人類相爭，至寶的『力量』在最後激烈的交鋒下融合。 此時出現的是被稱為《巨碩之存在》的『鋼』。『焰』與『大地』的眷屬們判斷自己無法應付，便決定封印《巨碩之存在》。『大地』的眷屬準備了七個容 器，『焰』之眷屬則是分割力量，讓力量寄宿其中，創造了『他們』。那就是七架騎士像──《騎神》。之後，『焰』之眷屬把名稱改為《魔女》，『大地』的眷屬則改為《地精》，共同守護帝國的未來……
直到900年前，《地精》在黑暗龍的災難中失去『聖獸』，與《魔女》斷絕交流為止。他們成為《黑色工房》，試圖引導宿願《巨碩黃昏》實現。那就是克洛提德所說的『終末的童話故事』，帝國的現況就是其徵兆。只有兩個人知道一切的真相。那就是奧斯本宰相，還有工房主人──《黑之艾爾貝里希》。克洛提德在面對異常事態不知所措的所有人面前現身，挖苦般地告知。結社已決定協助《巨碩黃昏》，在世界的終焉中完成「幻焰計劃」。接着鐘聲自遠方響起，黎恩等人看着克洛提德展開的某個影像。自地下冒出的『黑色瘴氣』讓《卡雷爾離宮》變成漆黑的大迦藍——《黑色星杯》。看着這一切的集團中有失去意識的亞爾緹娜、原本下落不明的喬治──還有白髮紅瞳的男子，《黑之艾爾貝里希》的身影。他正是本該在10年前意外身亡的「弗蘭茲·萊恩福爾特」……
仿佛受到鐘聲吸引一般，帝都中出現了幻獸與魔煌兵。藉助協力者的力量擊退後，新舊Ⅶ班朝着《黑色星杯》邁進。德弗林格號滑向抵達星杯前的黎恩等人身邊，分校學生、教官們從上面下來。阻擋在前的《鐵機隊》與兩個獵兵團，還有自稱《銅之蓋歐爾格》的喬治也採取攻擊態勢。湯瑪斯與羅賽莉亞組合彼此的術，硬是在星杯的障壁上開出縫隙。期間艾瑪發動轉移術，新舊Ⅶ班在光芒圍繞下被吸入星杯內。抵達的地方是星杯最上層。做好與等在那裏的『他們』戰鬥的覺悟，黎恩等人繼續前進。結社使徒與執行者、『地精』的協力者與《鐵血之子》。為了讓黎恩與新Ⅶ班繼續前進，舊Ⅶ班的夥伴們陸續留下斷後。接下他們的意念，終於抵達最下層。在詭異變異的大廳正中央是沉睡中的不祥《黑之聖獸》。被問及《黃昏》的意圖，艾爾貝里希冷靜地回答。帝國被施加的詛咒《巨碩之存在》。在人與社會本身植入『黑色種子』的『某種東西』。還不如利用那個詛咒，讓分割為七個的《巨碩之存在》合而為一，回到進化後的『鋼』。這麼一來，就能用鬥爭的原理影響整個世界，將人們引導至更高的高度。以《劍》殺死遭到災難污染的聖獸，真正完成《巨碩之存在》的《黃昏》將會開始。那把《劍》所需的是與戰術殼完全同步，既是人也是武器的存在──以自己的性命做交換，升華為《終末之劍》的人偶，其最終型就是亞爾緹娜。
醒來的聖獸終於覺醒，全身冒出鮮紅的眼睛，發出憤怒的咆哮。黎恩等人叫來騎神與機甲兵，死命對抗。但是就在瞬間鬆懈的空檔，聖獸施放的衝擊波把學生們的機體轟飛。幸運撐過的黎恩揮舞太刀，但那巨大的下顎咬住太刀，試圖咬碎。像是要把黎恩逼入更深的絕境似的，出現了另一個影像。載著奧利巴特皇子與亞爾賽德子爵、游擊士托瓦爾趕來星杯前的《卡雷賈斯》。機體突然被爆炸聲籠罩，連人帶艦全都在空中炸成粉碎。
隨後，咬碎太刀吞下的聖獸咬向騎神本體。『核心』內部閃著紅光，黎恩的慘叫聲響起。此時，恢復意識的亞爾緹娜跳上光劍，給予聖獸一擊。但是沒能造成什麼傷害，聖獸朝着在黎恩前方展開障壁的她揮下臂膀。下個瞬間，米莉亞姆全速下降，介入他們之間。不顧旁人制止，為了保護黎恩與亞爾緹娜，以銀臂展開障壁。「我全都要保護！！」對於如此篤定的她，兇猛的聖獸再度舉起臂膀。堪稱永遠的剎那，爬起身的瓦利瑪以雙手接住被撕裂的米莉亞姆與銀臂。她在炫目光芒的包圍下，露出略帶滿足的笑容，形體像是融合般地逐漸改變……
《根源虛無之劍》——巨大的白銀之劍就在那裏。黎恩發出憤恨與痛哭的咆哮鬼化。不祥的氣息甚至讓騎神本身也轉變，以《劍》斬下襲來的聖獸臂膀。任憑吞噬自我的力量擺佈，不斷施以斬擊，就在他打算給予最後一擊，把劍刺向胸口的同時，『黑色波動』隨著聖獸瀕死的嚎叫解放，自星杯內部溢向外界，從帝都蔓延至各地……
在黎恩持續失控的當下，齊格飛的面具自行掉落，露出了真面目。跟着跳上《蒼之騎神》的『克洛』，獵兵王路嘉與雅里安洛德也搭上各自的騎神降落至最下層。蒼、紫、銀之騎神圍繞著瓦利瑪，把白銀之劍從他手中打飛。賽德利克皇太子也搭上《緋之騎神》，最後由奧斯本召喚《黑之騎神》。漆黑騎神揪住瓦利瑪的頸部說道：
「──那麼就開始吧，黎·恩·。為世界染上絕望，昏暗終末的童話故事。」
