學術批判不只是批判別人的學說,也包括對自己學說的反思、反省與自我批判。「以合乎學術規則的方法得出的結論並不必然和諧,它們之間有可能存在巨大差異甚至衝突。這反過來要求我們承認自身理性的有限性和方法的局限性,同時又需要彼此之間理性溝通、反思自己學術研究存在的問題,進而在衝突的基礎上調整、修正自己的方法,提出新的觀點。這樣一種自由的溝通和理性的反思能夠在大學師生群體中激起一種更崇高的真正的學術思維,這是學術進步和創新的重要方式。」
學術批判意味著善待他人的觀點,要以善意閱讀他人的論著,要善於發現相反觀點的可取之處,從中學習別人的優點。不仔細領會別人作品的意思,不從對立面的研究中吸取長處,是不可能有進步的。如果見到與自己不同的觀點就反感、就憤慨,一看到不同立場的論著就從中挑幾個自己可以批判的段落,甚至在找不到可以批判的段落時歪曲別人的觀點進而展開批判,或者帶著偏見將別人的意思曲解為自己所要批判的內容,乃至以憤怒代替理由與判斷,就不可能形成可靠的論證,不屬於真正的學術批判。
與此同時,學術批判決不包括對他人學術自由的干涉。學術自由是學術繁榮的重要條件和基礎保障,也是政治民主、自由的內在要求。「學術自由是學術活動得以順利開展,學術研究得以保持繁榮,學術創新成果得以大量湧現,從而推動社會不斷進步的重要前提。」「競爭的環境無論從認識論的角度還是從社會學、心理學的角度都是有利於科學發展和人才成長的,它迫使科學家們主動地為自己的學說和學派的生存權利而鬥爭,千方百計地證明和修正自己的學術觀點。這種科學上的『生存競爭』,保證了一種『自然的』而不是『指令式』的(人為的或行政的)選擇過程的正常運行,科學就在這種自然的選擇過程中發展起來了。從這個意義上說,不同學派的存在及其之間的競爭,正是學術自由的最後形式。學術自由為科學發現和科學真理的確認,提供了一種最佳社會條件。」